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利用Linux制作circos配置文件时,result文件无数据

推断可能是文件格式,和基因ID不一致造成的;你再检查看看,和示例文件对比一下;

回答于 2020-12-30 18:01

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植物的MADS-box基因家族

你再多读读文献,再详细了解你的家族特点,我不太了解这个家族,不好给你建议; 文献阅读少不了的;  再确定一下是要求两种结构域同时存在才是你想要的结果?

回答于 2020-12-30 17:56

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请教老师,用自己的hmm文件,进行了domain的二次搜索,结果如下...

你需要详细了解你的家族结构域的特点,根据特点手动排除结果; 查看比对到的地方及其左右延申的序列,观察是否是你想要的结构域;如果是,可以修改比对结果from to的范围手动矫正; 如果确定不是删除就好了;

回答于 2020-12-30 17:54

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基因组间共线性分析

没有得到,可能是其他原因,你再查查; 设的小一些运行一下,可以自己测试的; 

回答于 2020-12-30 17:53

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请教老师,用自己的hmm文件,进行了domain的二次搜索,结果如下...

你需要详细了解你的家族结构域的特点,根据特点手动排除结果; 查看比对到的地方及其左右延申的序列,观察是否是你想要的结构域;如果是,可以修改比对结果from to的范围手动矫正; 如果确定不是删除就好了;

回答于 2020-12-30 17:52

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老师,我在重新描述一下问题,mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选...

blast方法只能找到串联重复的基因,大片段复制的基因无法判断; 你看看定义概念,还有视频课程;https://www.omicsclass.com/article/730

回答于 2020-12-29 14:38

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老师,我在重新描述一下问题,mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选...

blast方法只能找到串联重复的基因,大片段复制的基因无法判断; 你看看定义概念,还有视频课程;https://www.omicsclass.com/article/730

回答于 2020-12-29 14:38

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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致,虽然用的都是70%同源...

没有教过用kaks计算共线性,你弄错了吧; mcscanX和blast手动查找串联重复基因,方法不一样,有些差异也是正常;你写文章选择其一展示结果即可;

回答于 2020-12-28 13:17

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老师好,想请教一下,如果拟搜索的家族是一个超家族,序列长度较...

要建立自己的模型,选择可靠的,这些不完整的手动删掉就可以; 

回答于 2020-12-28 13:03

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计算串联重复时,满足两个大于75的标准,但是不在一条染色体上,...

有可能是反转录转座:https://www.omicsclass.com/article/494

回答于 2020-12-27 08:13