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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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4108 个回答

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老师您好,我本来打算做BSA,因为担心BSA定位区间过多,所以对F2...

把40个样本数据等量混合,重新callSNP,再做BSA; 或者不混合做GWAS关联分享;

回答于 2022-04-28 09:32

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老师,我做进化树+基因结构+motif一张图全显示的时候是这个样子...

有基因的外显子太长了,5M?   你检查你的数据是不是有问题,打开看看:

回答于 2022-04-28 09:29

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docker desktop 闪退(已经百度,实在没解决)

新docker 基于WSL的; 课程里面的是基于hyper-V的,下载老版本的docker 重新安装,和老师的保持一致: 下载Docker desktop 安装包:https://download.docker.com/win/stable/43472/Docker%20Desktop%20Installer.exe

回答于 2022-04-28 09:27

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tassel 报错 SortGenotypeFilePlugin to correctly order the fi...

排下序就行,用排好序的文件再输入即可避免错误: #利用tassel软件对文件进行排序run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF#vcf文件格式转换成Phylip格式,用于后续构建进化树run_pipeline.pl  -Xmx5G -importGuess  $workdir/00.fi...

回答于 2022-04-28 09:22

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docker启动突然报错 drive has not been shared

看看这个问题:https://www.omicsclass.com/question/4105

回答于 2022-04-26 10:12

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老师,我在进行基因结构展示时,GSDS error报错,是下面这个图片...

进化树的ID和GFF里面的ID不一致吧,你检查一下

回答于 2022-04-26 10:10

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老师,我基因组间共线性报错,能帮我看一下吗?ls之后有mcscan_l...

文件名 改一下,后缀 txt删除:

回答于 2022-04-24 16:33

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请问一下怎么将几个物种叶绿体基因组进行多态性比对从而得到多态...

可以做比较基因组分析  获得差异的多态性位点

回答于 2022-04-24 11:55

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蛋白质ID如何转换为Gene的ID

转换比较麻烦,做富集分析需要做基因功能注释才行

回答于 2022-04-24 11:53

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关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

GTF 文件不标准,有些行缺少gene_id   可能是非编码的基因,可以删除这些行,再重新运行代码:

回答于 2022-04-22 10:54