质控数据

老师您好!请问下图1中红方框中的碱基序列长度修改是否可以根据文件“2.fastqc”中的“multiqc_report.html”中图2bp平均值进行相应修改,如果可以,那么修改原则是什么,是数据集中的波峰前取值还是波峰中间取值,比如图2波峰是300bp,那么我是否可以取值280attachments-2022-06-P2dDd4Di62bbca863ec5f.pngattachments-2022-06-5qQVqo3e62bbcaba45a3a.png

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个length required 是把小于这个值的序列删除;

你这个设置个280bp左右即可;保留大部分的read

还有就是你的引物扩增的区域(V3?V4 or V3+V4?) 长度做参考; 


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啦啦啦种太阳

谢谢老师,我的是V4-V5区域,和您示例中的V3-V4有差异,就如您所说的,还是得根据自己的实际情况适当修改

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  • 啦啦啦种太阳 提出于 2022-06-29 11:45

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