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如何用Samtools截取保守域序列,老师您之前发的链接里的方法我看...

没法再详细了,看不懂命令,看看视频吧:https://study.163.com/course/introduction.htm?share=2&shareId=400000000234009&courseId=1212025847

回答于 2022-08-23 15:50

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关于基因家族分析中可能有问题导致结构无法分析得到的各文件截图

1.不要用记事本编辑文件,会导致linux不兼容。用notepad++等专业的文本编辑软件 2.你的蛋白ID和GFF里面的mRNAID 不一样,一个t1 后缀,一个是 p1 后缀,你想办法统一一下;

回答于 2022-08-22 20:29

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在做fst绘图输出,pi多样性绘图输出时,pi_manhattan_plot.r -i...

脚本的最前面有个 export    PATH命令没有执行, 每次重启docker之后脚本开头的环境变量要运行一下才行;

回答于 2022-08-22 14:24

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老师你好,我想将hmm和blast搜索的成员想合并起来建树,我试着用...

blast 搜索的 结果,首先你得知道你的结构域序列在蛋白序列上的位置,可以借助samtools 等工具批量截取序列: 截取序列: https://www.omicsclass.com/article/1169  https://www.omicsclass.com/article/1245  

回答于 2022-08-19 10:52

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vlookup使用

excel的问题,你可以手动用excel搜索一下; 如果不是excel问题,你的这个数据基因特殊没有数据蛋白互作的数据,或者没有STRING没有收录

回答于 2022-08-19 10:49

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老师您好,我想用GWAS对候选基因进行进化选择分析,我想证明我的...

你可以用野生种做个对比,一般野生种在这个基因附近多样性高,驯化品种多样性低;

回答于 2022-08-18 15:03

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如何把blast和hmm检出的成员合并在一块建树

把他们的找到的基因序列,放一起,再用mega建树就行; 

回答于 2022-08-18 15:01

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SSR引物设计

可以把需要截取的长度放宽些或者产物长度放宽; 有时候,两端截取的序列找不到满足条件(退火温度等)的引物;

回答于 2022-08-18 15:00

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关于在DOCKER中分析基因家族的motif

在基因家族docker镜像中meme已经添加到环境变量中,最左边 直接用meme 即可,不要加路径;

回答于 2022-08-18 09:17

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基因家族鉴定所用的基因ID与转录组基因ID不一致

采用同一套基因组,也就是把你的转录组分析换成你基因家族分析的基因组重新分析一下,就一致了; 

回答于 2022-08-17 17:46