3 基因变异的VCF文件除了染色体部分外的其他变异数据如何过滤?

各位老师好,想请教一下,我在做BSA分析的时候,VCF文件里面有许多除了染色体外的其他数据(见附图),这种super大概有三千多个,导致后面分析出不了图,请问下这种数据怎样剔除?attachments-2022-09-KLpJQ03T633260a558187.png

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

http://vcftools.sourceforge.net/man_latest.html    

可以用vcftools  筛选指定染色体: --chr  Chr01  --chr Chr02  .....attachments-2022-09-YrV86rcw6332cbdc1bad4.png

请先 登录 后评论