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老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

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请问在运行MCSCANX查找共线性时出现这个html文件是这样的，是怎么回事，是用的gff和blast文件有错吗

  • 李 2023-12-08 14:27
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做群体遗传分析，需要把indel提取出来嘛只用SNP的vcf文件？

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使用circos对共线性结果进行美化，染色体的标签名字发生重叠，调整了参数也不起效，该如何调整？

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在ncbi找不到制作热图的数据，怎么办

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代码不适用

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群体研究合辑work.sh脚本运行问题2

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组装叶绿体基因组时修改方向revseq这个命令，是只反向，还是要反向互补？

  • yuyu 2023-12-07 19:49
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老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，这怎么解决呀

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老师，这行命令出来的结果是空的，怎么解决呀

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hgmd,omim,lovd数据库

  • WDH 2023-12-07 16:51
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老师，为什么不能运行ParaAT/ParaAT.pl，我检查路径是对的

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老师我想问一下，MENA在analysis the network 报错的问题

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root@jieyuma-virtual-machine:/home/jieyuma/Desktop# docker search omicsclass Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dial tcp: lookup index.docker.io on 127.0.0.53:53: server misbehaving

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群体研究合辑work.sh脚本运行问题

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gemma分析时，有的样本表型数据缺失怎么办？

  • 2023-12-06 19:39
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老师，为什么不能用diamond?

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gatk VariantFiltration这一步的过滤，我看到gatk 官网上SNP和indel的过滤条件有点不一样。是否可以把SNP和indel从all.raw.vcf.gz提取出来个各自硬过滤后再合并做后面的分析？

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老师我想问一下，基因家族鉴定出来的结果里有一些基因是假基因，做后续分析的时候要不要把它们删除呢

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R包安装