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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

  • per 2024-06-04 16:19
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使用OrthoFinder时单拷贝基因很少，能说说用OrthoFinder结果里的低拷贝基因去建树吗

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老师，您好，我做基因家族分析时绘制表达模式热图，因为我的GFF3文件是从ensemble上下载的，发现从NCBI上下载的转录组数据的基因ID与我的基因ID不一致，这时该怎么判断那个是同一个基因呢？

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基因组组装和注释镜像中bwa报错

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FASTA文件如何查找，以及模板是什么样的

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老师好，右边group1里面的两个wrky结构域，在左边这个图里咋体现出来的呀？我只看出了第一个，就是第一个框框出来的

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cytohubba筛选hubgene

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wgCNA一个模块中找hub基因 我把cytoScapeinput-edges文件输入cytoscape中 用cytohubba计算 但是每次出来的结果都不一样 试了很多遍也不行 求解答 谢谢！

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样品有12条染色体，60个样品重测序样品，最后形成的总的clean vcf 为什么只有1条染色体了呢？

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3 利用代码进行曼哈顿图制作中报这种错误，应该如何解决？

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我使用hmmsearch时弄出来的文件是空文件夹这是为什么嘛？ 我下载的是hmmer3.0 windonws版

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安装 velocyto 报错

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老师 您看一下 我分别用两种酶做的 一样做不出来

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PSMC分析

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老师 下面这个问题需要怎么解决呀 希望老师能给我解决这个问题 谢谢

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docker 运行报错

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老师请问，这种OG0000.。。代表的基因家族扩增还是收缩问题，他们的具体名称在哪里对应查找，比如OG000044代表钙粘蛋白基因家族，还是什么家族有名称吗？

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老师您好，亚细胞定位预测出来的结果很多，需要都写上吗

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老师您好，做完蛋白序列多序列比对后，分析基因家族的保守位点，怎么判断那段保守位点指的哪个氨基酸活性位点呢，然后画出像文献中这样的图

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单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错