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Error running system command: </biosoft/annovar/2018Apr16/table_annovar.pl /work/my_reseq/5.var_ann/snp.avinput /work/my_reseq/ref -buildver unknown -outfile /work/my_reseq/5.var_ann/snp -remove -protocol refGene -operation g -nastring . -otherinfo>

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在T2T基因组直播课程中第八步根据参考基因组挂载染色体，共线性图出来后在这怎么操作得到最后的基因组染色体版本？

  • Song 2024-04-22 14:18
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16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

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不同组扩增子数据长度差距太大，如果一起分析是不是结果不太好，分别分析然后编程整理是不是比较好一点，还是舍弃差距过大的数据呢？

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线粒体基因组问题

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在组装线粒体时日志文件显示出现了如下的错误请问是什么原因呢

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3 老师好，我用自己的数据根据参考基因组挂在染色体这一步，最后画共线性图报错，麻烦老师看一下

  • Song 2024-04-20 18:24
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JGI下载的文件，哪个是基因组文件和gff文件呢

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5 gwas分析tassel软件GUI界面PCA文件，表型，和hapmap文件合不起来

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plink怎么设置样本的PPID，MID，Sex信息？

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LDdecay衰减距离如何确定？

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circos绘图出现错误，有svg但是内容不对，没有出现png格式的图

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ParaAT 多序列比对 报错 2.0

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tassel跑glm模型报错et.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: importGuess

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tassel报错：net.maizegenetics.pipeline.TasselPipeline - TasselPipeline: parseArgs: expecting argument beginning with dash: tree/out.recode.vcf

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ANNOVAR注释问题

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基因组组装相关问题

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转录组KEGG富集分析出现问题。

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我有几组16s扩增子数据分别为单端测序和双端测序数据，是否能将其一起分析，可以的话要对数据怎么进行处理

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扩增子分析去除引物序列，怎么看自己的序列数据是否去除了引物，如果不知道引物序列，不去除对于结果的影响会很大吗