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基因组组装着丝粒问题

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基因组组装后进行merqury评估出现问题

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20 请教一下TCGA的蛋白数据怎么理解，它是有正负值的，这个正负值代表什么意思，为什么蛋白表达会有负值？我只想给它分成高表达，低表达和表达缺失组应该怎么处理呀？

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老师您好，单倍型分析的图是这样的，我关注的是蓝色框起来的标记，这个snp处于一个高度连锁的区域吗，属于左边的block还是右边的block呢

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老师您好，单倍型分析的图是这样的，我关注的是蓝色框起来的标记，这个snp是否处于一个高度连锁的区域，属于左边的block还是右边的block呢

  • 2024-12-08 23:43
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老师，我用自己的电脑跑代码，跑到构建进化树时显示错误，但是我把所有的软件都关掉了也一样，重启也一样，这个是什么原因呢

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我用maxquant分析完后proteingroups文件中没有protein name和gene name，应该怎么解决呀

  • 2024-12-06 16:17
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单倍型基因组组装问题

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老师，找结构域是否存在是怎么看呢？比如我用代码跑出来了ID，去NCBI上上传文件后出来他能检索到的ID，是只要他显示出来能检索到就可以吗？还是一个个查看具体的信息？我要做一个Lipoxygenase家族，但是有一些基因显示的并不是这个家族，而是另一个PLN02337 superfamily，是因为我的目标家族是PLN02337 superfamily中的一个亚族吗？可以这样理解吗？因为我做的这个家族好像确实是从一个超家族里的小家族。

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获取UGT家族基因的泛基因编号，运行代码后内容为空

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你好老师，我想请问一下，有没有代码可以计算群体的多态性信息含量PIC值，观察等位基因数A，有效等位基因数Ae啊，ddRAD测序做的分析有限，想增加点分析

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老师您好！我在使用ParaAT是报错，提示Generating homologous group files for alignments: 0，请问这个如何解决？

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泛基因家族分析-数据准备

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重测序

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重测序

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重测问题

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老师您好，做GWAS分析使用GLM模型时，p值为什么都是-0啊？

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老师您好，在做GWAS分析的时候，性状数据不是连续的数字，是0，1这种，这样的数据也可以按照上课讲的流程分析吗？性状数据没有多年数据，在后续的分析步骤中，不定义tassel_trait这个变量可以吗？

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泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

  • Q_C 2024-12-02 18:46
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Doker打不开，显示内存不够，电脑还有100G内存: don't have enough memory