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脚本perl ../script/get_mRNA_position.pl allmRNAID.txt ../Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 AT.gff

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报了基因家族鉴定的课，之前装ova的时候用的是官网的，但是很多软件没有。现在想重新装一下课程提供的含软件的ova。请问应该如何处理？

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请问各位老师，E-value（e值）设定的根据是什么？对结构域筛选影响很大吗？

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老师您好，知道拟南芥基因家族名称，也知道成员的基因名，怎样找到成员基因序列？谢谢老师

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老师，您好，我下载下geo原始数据，经标准化处理后，基因的表达值显示为 964316794613767；9 这是什么意思，不是说过表达值经log处理基本上在0-几十的样子，怎么变成这样了？这两个数字代表什么意义？

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老师，从GEO数据库下载的数据是标准化后的RNA-seq数据，能用哪个R包进行差异分析

  • ox 2020-07-27 11:05
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老师，我照着视频里的指令输入的，但报错了，请问有什么解决方法吗？

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R怎样读取下载好了的TCGA数据

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在进行共线性分析时，输入/biosoft/MCScanX/mcscanX/MCScanX mcscan/Put，提示说找不到文件，怎么回事，求解

  • bobo 2020-07-25 22:03
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为什么smart输出结果只是文本没有图呢

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https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v4_dicots/，这个网站怎么用？求解，谢谢

  • bobo 2020-07-25 10:30
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GSDS网站打不开，已经两天了

  • bobo 2020-07-25 10:17
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老师，用MEGA构建进化树时，是删掉每个序列的所有gap，还是在删除gap的同时要保证各序列对齐？像下面这种情况，删不删除该区段的gap呢？

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您好，我没有混用脚本啊，可是这个报错我也看不懂，求教

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5 大家好，在用MEGA7.0练习做了进化树，但是结果发现Original tree和Bootstrap consensus tree显示树形不同，这两者有什么区别呢，要哪种结果较好

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请问这个报错如何解决？

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geo数据库中，双通道的矩阵与单通道的矩阵（均已标准化并取log值）都是可以进行WGCNA的吧，如果是的话，那两者的r语句应该是一样的吗？

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请教你个问题，如图所示

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第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

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5 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log，那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗？还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢？