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老师，这一步有啥问题呀？麻烦老师帮忙看看,第二张图是我重新删掉文件然后重来一遍的，还是在提取ID这一步出错了，中间也检查了cds文件和pep文件，文件内容是没问题的，除了生成的txt文档是空白的，其他都没啥问题，然后就卡在id替换那一步，麻烦老师帮忙看看

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老师，请问Ensembl、phytozome这两个网站没有收录我的目标物种，只有NCBI收录了，但是NCBI缺失gff基因注释文件的话，我还能有什么途径可以获得基因注释文件呢？

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这条命令报错cat ../id.txt|while read ind;do cut -d" " -f1 ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fa|sed -e "/^>/ s/$/_${ind}/g" -e "s/\*//g" > ./check/${ind}_pep_need_to_confirm.fas

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进行阿尔法多样性分析是报错

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请问下载docker时出现这个问题是什么原因

  • 李 2024-06-24 15:35
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老师，用admixture做群体结构时，可以绘制单独一个k值的结构图吗？另外用代码跑出来的图怎么修改横纵坐标的字体以及大小呢？

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上传CNCB测序数据出现问题，请问大佬们需要怎样处理啊？

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老师，我这个是桑树的fasta和gff文件，不是从官网下载的。假如各个网站都找不到我想要的物种的基因组文件，只有手头这个文件，我要怎么做才能和教程的代码连接上呀？或者说碰到这种目标物种查不到的情况可以怎么做呢？

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老师好，我在做群里遗传进化算pca时，得到的文件都是0。但是没有报错

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使用fq文件去重脚本出现问题

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老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在fst pi tajimaD分析的过程中，发现生成的曼哈顿图没有数据，在第一步的过程中，我们确实成功的生成了染色体对应的起始位置和pi值，但在pi多样性绘图输出时却发现没有数据，这是怎么回事呢，请老师帮忙解决

  • per 2024-06-21 16:37
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下载docker是出现这个问题

  • 李 2024-06-21 15:52
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老师 您看一下 这个是hic的测序方法

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老师，绘制PAV图时，结果如图，还有报错信息

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老师，下面是报错、染色体信息、gff文件中的染色体和命令行

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泛基因家族分析，提取CDS序列结果如图所示，并且文件大小只有38KB，是不是这个基因组就不能用了

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估算物种分化时间

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基因家族新版解压总是报错，无法获取更新后的脚本

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对于同一种系来源的生物体的基因组（比如都是人类的基因组），我要进行连锁不平衡分析，不同批次的数据对连锁位点的判断相同吗？

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5 stairway-plot里的mu（每代每位点的突变率）参数怎么确定？mu: assumed mutation rate per site per generation.