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二倍体高杂合基因组装，hifiasm初步组装的基因组大小比预估的大，可以先用purge_dup去冗余，然后再用nextpolish进行polish吗

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老师，转录组课程中一个基因提取一个蛋白序列作为基因代表序列用于同源注释，我152个基因，但是只提取出138个蛋白序列，没提取出来的在总的蛋白库里都有，想问下为啥提不出全部

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这怎么解决，报错就跑不出单拷贝同源基因

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运行orthofinder出现这个警告，跑不出来直系同源单拷贝基因，如何解决这个问题啊？？

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我想咨询一下wgcna问题

  • Iok 2023-06-30 15:52
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mcmctree报错物种数太多

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您好，怎么在二代测序基因组提交后，上传同一株细菌的三代测序基因组结果啊？怎么去处理啊？

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蛋白序列中的点，在跑orthofinder的时候报错

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批量srr转fastq

  • lizi 2023-06-20 11:15
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BWA比对报错

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请问一下mcmctree运行的结果中为啥没有出现替换率呢

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请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

  • 2023-05-31 11:03
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按着课程做，用的也是组学的数据，KEGG富集分析，只生成normal_vs_tumor_degene.id.map.tsv文件

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用MCScan做共线性分析时，准备allmRNAID.txt文件，发现有些转录本定位在了contig上，这些定位在contig上的转录本需要算进去吗？

  • 2023-05-24 00:55
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10 按着课程做，用的也是组学的数据，KEGG富集分析，只生成normal_vs_tumor_degene.id.map.tsv文件

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请问导入数据时总是出现：“no such command”是什么原因啊

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paircoil2使用报错

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有log2FoldChange的值怎么画热图

  • 2023-05-13 11:45
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老师您好，我在注释基因组重复序列时，使用repeatmasker、repeatmodeler、repeatproteinmas、trf注释完后，使用代码整合时出现重复序列比例大于100%，代码没有什么问题，请问还可能是什么原因导致的呢？

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做MCScanX共线性分析提取不了蛋白序列文件

  • 2023-05-12 10:39