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3 如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家族成员ID，得到了家族成员列表，后续的基因家族分析中都再用WRKY_domain_new_out_removed_redundant.txt,而不用confirmed_IDlist.txt。我用了一下后者，后续文件提取不成功。如果只有家族成员ID，没有hmmsearch的输出文件，后续的基因家族分析怎么做

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3 为什么预测基因家族顺势原件位置信息出来是空表

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5 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

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5 利用ParaAT2.0生成计算KaKs所需要的AXT文件，但是AXT文件为空

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5 Tbtool中Quick Mscanx Wrapper使用的时候总是得不到结果

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3 Failed to open tabular per-dom output file zf-C2H2.txt for writing怎么解决

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20 老师你好，blast分析串联重复基因结果文件duplication_gene.out与MCScanX 结果文件 tandem的串联重复基因不一致怎么解释？

  • 2019-10-21 15:38
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20 在利用脚本得到重复基因的时候出现了报错open failed

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5 想问一下用做药物作用后的itraq标记质谱分析蛋白的变化？对照组是113和114，实验组是115,116,117，那如果得到了115/113,116/113,117/113,115/114,116/114,117/114这些都是实验组与对照组倍数变化fold change 以及他们对应的p值，那我怎么用，筛选的时候要用这六个比值的均值吗？还是有其他的筛选办法？还有六个p值应该如何来筛选？

  • 2019-10-21 00:30
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10 Figtree里批量改颜色请问一下需要怎么操作呢？不是所有的序列都需要改颜色。

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20 请问预测信号肽或者蛋白质亚细胞定位的网站有吗？

  • 2019-10-15 12:05
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20 有一个问题像请教一下大家，我用上课时老师给的脚本跑出来的tandem pair有两对，但是做基因定位染色体图时发现了更多的连在一起的重复基因，那么是我脚本没弄对还是基因定位染色体给到的串联重复不正确？

  • 2019-10-15 12:03
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3 python版本mcscan出错

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20 无参转录组使用kobas进行KEGG分析的时候，应该选择什么物种？

  • 2019-10-10 17:57
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10 get_gene_exon_from_gff.pl 这个脚本提取不出CDS信息，无法绘制基因结构图

  • 2019-10-09 11:02
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10 老师您好，我想利用gff文件和fa文件提取cds序列，请问应考虑哪些问题呢

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3 pacbio转录组数据处理

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5 我在运行MCScanX时报错，以下是我的输入文件和报错截图

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5 使用bio-linux中sratoolkit里prefetch下载数据，但是无法打开试过用自带的sratoolkit，也自己去下了个最新版的放在用户文件夹也不行，我按照网上的教程设置环境变量，用source ～/.zshrc使配置生效了（好像bio-linux用bashrc不行？），但是无论如何也打不开，不知道哪里出了问题，有大佬知道吗，小白实在不懂

1 解决

5 WGCNA运行代码问题sft