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进化树画图

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有多个时期的转录组数据每个时期都有三个重复，如何进行基因注释

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16S FastMap文件如何填写能否像详细讲解一下，视频中说tap1文件就是ckd就是肾病患者的简称填写吗，我搜到的是tap列通常用于记录与每个样品关联的分类工具或方法的信息。像这样，能否详细说明一下

  • 2024-02-23 11:46
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plink报错

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10 plink报错

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我想问一下从公司获得测序数据如果是以下的cleandata，我们是否从章节2课时6看起就可以了呢，是否向需要进一步质控？

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变异结果过滤

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docker

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老师，我前面问的那个nohup命令很快就结束，您让我用file查看gz文件是否损坏了，我看了一下是这样的，你看看是这个问题吗？

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GWAS筛选阈值设置

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如何实现把InDel标记变为SNP格式？

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3 用samtools call出单个样本的rawvcf文件，合并之后发现samtools不像GATK的文件gvcf那样保存与参考基因组相同的位点，而是在合并之后都变成了缺失，想咨询一下samtools call出的这组数据还可以用吗，有什么办法？

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使用图中这条命令时参考序列格式是fasta.gz格式有影响吗，需要转化为fasta格式吗；此外我这个第一条命令jobs显示正在跑，后面的为什么不显示正在运行了啊，是有哪里错了吗？

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请问出现以下情况是什么错误呢

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在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

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将自己windows中D盘的数据映射到docker中的work目录时格式一直有问题，已经重新打过好几次了不知道问题在哪里

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群体结构分析

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5 老师，我有30个经过高氮、低氮处理的转录组数据，但是不清楚我的性状定义是否正确？能指导下吗？谢谢！ 图片压缩后总提示太大，不知道是否成功上传

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tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

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GWAS中gapit分析没有结果，命令行输入与屏幕输出如下