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GWAS分析中提示Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Execution halted

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老师，请问基因家族计算Ka/Ks是用提取鉴定好的重复基因序列比对计算，还是用该家族全部CDS序列比对后计算？两个物种之间共线性的基因也是相同方法吗？

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用MEGA建树时遇到这样的问题

  • koto 2022-03-16 23:06
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老师，我想问一下BSA分析实操课程中qtlplot这个命令是一个脚本吗 qtlplot -v qtlseq.RS-blast.clean.vcf.gz -r HitomeboreWT --bulk1ID S-bulk --bulk2ID R-bulk --N-bulk1 20 --N-bulk2 20 -m 0.3 --out qtlseq_SR-blast

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多序列比对完后构建进化树遇到了错误，这是怎么回事

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aspera下载报错

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R包下载问题

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老师，这是在组学大讲堂找的三个物种做比较基因组学分析的一个脚本，运行显示Can't find string terminator " Usage End." anywhere before EOF at ../script/mcscan.filter.pl line 13.的错误，请老师看下这个脚本，谢谢老师

  • 2022-03-16 00:05
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Warning message: package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to re-install: 'Biobase'

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老师您好 转录因子结合位点怎么预测

  • 2022-03-15 17:39
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关于Win10家庭版开启Hyper-V

  • 2022-03-14 21:49
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基因家族分析

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不同物种共线性分析结果只有一对同源基因被发现，怎么检查是不是中间有出错，没有找到其他的基因

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老师，python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性时查文献没有对照物种别人鉴定的基因，要自己先去鉴定吗

  • 2022-03-14 16:05
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请问现在应该去哪里下载MCScan呢？chibba.pgml.uga.edu上找不到mcscan了

  • eika 2022-03-13 22:35
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老师你好，mapchart添加标尺的时候总是出现下面的情况，标尺附近有黑条纹，另外我要怎么调整标尺的刻度大小

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老师您好！我要进行小麦基因蛋白互作网络分析，使用小麦与拟南芥找到8对同源基因，后来用Cytoscape进行美化时，要用所找到拟南芥映射小麦，这个映射用VLOOKUP比对时是用的之前找到的8对同源基因即下载的ortho-orthologs文件吗？

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老师您好，我要进行基因蛋白互作网络分析，用小麦与拟南芥找到8对同源基因，后来用Cytoscape进行美化时，要用所找到拟南芥映射小麦，这个映射用VLOOKUP比对是用的之前找到的8对同源基因即下载的ortho-orthologs文件吗？

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如何挑选所需的顺式作用元件？

  • Mask 2022-03-10 21:40
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只有基因组草图没有染色体级别的基因组可以做基因家族分析吗？？？？