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Tassel做GWAS分析时混合线性模型报错，文件格式如下，内存足够，但是还是报错。

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当我用在比较基因组学分析做数据准备时用组学提供的代码进行基因cds以及pep序列提取时，总是报告这样的错误，不知道是怎么回事

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请问GCTA运行报错，打不开软件怎么回事呢？

  • LU 2023-09-21 19:23
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Tassel做GWAS分析时混合线性模型报错，有老师知道是什么原因吗？

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老师好，我在使用dQTG.seq进行BSA定位时 ，按照要求的格式输入文件，但总是会出现如下报错，请问这是什么原因呢

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绘制circos图时没有内部连线

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基因组重测序，排序完后进行去重复总是被Killed

  • 2023-09-21 14:42
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老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片所示，如何按照对应的窗口计算平均XP-CLR scores呢？

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在gwas分析中，单一线性模型没有问题，混合线性模型运行到30%就自动停止了，这是什么原因有老师知道吗？

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注释脚本

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genome-annotation缺失tantan

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同一物种批量注释基因组

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跟拟南芥同源的基因太少，导致绘制不出来蛋白互作网络图怎么办

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水稻F2群体株高性状的GWAS分析模型选择GLM还是MLM

  • lsh 2023-09-19 10:26
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mcmctree能否多线程运行？

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叶绿体组装使用软件Gepard报错问题

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老师好，我在运行比较基因组学11.time_tree_BV脚本的时候，报错Error: Only bounds for the root age are implemented，修改了几次化石时间节点也没有成功，请问这个是我的化石节点选的有问题么？

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老师好，我想问一下自己找公司测序得到的GB文件和fasta的文件跟NCBI上下载的需要做一个统一化处理吗？如果要做的话，需要采用哪种方法？因为我发现他们注释的基因顺序不太一样，所以就担心对后期的分析有影响。（比如说特征统计分析，密码子偏好性分析，IR区边界分析，重复序列分析，结构变异分析，序列多态性分析，系统发育分析，分子标记开发等）

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安装docker 进行16S分析物种注释过程很慢

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quickmerge合并多个软件组装的基因组后，使用nextpolish去polish基因组，得到的结果的N50比打磨前的低是正常的吗？基因组由549M打磨到了531M，总的contig条数没变，N50都是N=3.