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单细胞测序数据分析时,修改seurat对象的Idents,并添加细胞类型...

添加不上,报错了吗? 我们这个脚本会额外添加一列细胞分群信息到rds的metadata列里面,列名就是celltype

回答于 2024-05-20 09:38

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老师您好,我想问一下这2个挂载图哪个是对的呢,为什么会出现这...

你的这两段是重复序列(一样的序列),可能是细胞器基因组,或者其他,你再检查检查;

回答于 2024-05-20 09:35

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老师你好 我在进行保留最长转录本的时候报错

输出的错误提示GFF3格式问题,你看看具体是哪个GFF文件报错了,检查一下; 上图截图的GFF文件我看看是正常的;

回答于 2024-05-17 17:12

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老师你好,我在用w.sh里面的第二次搜索结构域命令的时候出现报错...

你这个是软件安装问题。 请使用我们的docker镜像分析数据,我们的镜像安装好了软件就不会有这个报错了; 不然你需要安装bioperl这个包; 另外我们的课程已经更新,建议学习新本课程;https://bdtcd.xetslk.com/s/1BAqPp

回答于 2024-05-17 17:10

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VCF注释

如果是用的是我们提供的镜像,那你这个vcf文件对应位置的SNP可能有问题,或者基因组上这个位置碱基是不是杂合的,你检查一下;

回答于 2024-05-16 15:44

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cafe5 Families with largest size 删掉这些基因家族后跑的非常...

如果太慢多给些线程--cores ; -k 值自己选择吧,不比较 运行到k 3 也可以;

回答于 2024-05-16 12:16

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用4d位点跑mcmctree报错Error: strange calibration?.

用的是我们的docker镜像吗? 如果不是可能是软件安装问题;

回答于 2024-05-16 09:34

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Launch_PASA_pipeline.pl脚本报错连不上mysql?

不会配置mysql就使用sqlite数据库吧;

回答于 2024-05-16 09:31

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mcmctree运行报错"error: raise NGENE?"

看看这个ndata这变量是否设置正确,和你的输入基因数量一致,打开mcmctree.ctl 文件看看的;

回答于 2024-05-16 09:27

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老师你好 我在进行保留最长转录本的时候 服务器出现这个警告

警告一般忽略即可,如果觉得可疑,可以到GFF里面去搜索对应的ID看看格式是否有异常; 或者是nc RNA 就不用处理了;

回答于 2024-05-14 16:22