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质控
有些样本的缺失率太高了，检查样本的缺失率： 基本用法 bashvcftools --vcf input.vcf --missing-indv --out sample_missing 这会生成 sample_missing.imiss，格式如下： textINDV N_DATA N_GENOTYPES_FILTERED N_MISS F_MISS sample1 100000 0 500 0.005 sample2 100000...
回答于 1天前
按所上传图片的第二种方法提snp,似乎不能49个样并行运行提snp，...
红框框里面生成的bash命令是顺序执行，一次执行一条，结束了执行下一条，如果需要并行可以使用下面的命令,表示每次并行运行4个任务： ParaFly -CPU 4 -c 3.1.2.gvcf.sh call SNP 费时间速度慢正常的，还和你的计算机性能有关，耐心等待
回答于 2026-11-05 15:09
比较基因组无单拷贝基因
1.物种太多，单拷贝同源基因自然变少，建议减少物种数量 2.物种里面有没有同源多倍体，如果有同源多倍体需要拆分染色体组，不然没有单拷贝同源基因
回答于 2026-11-02 09:54
进行snp位点提取最后一步过滤时， 500 万位点直接过滤到 0，这是...
这个参数过滤比较严格，你可以删除了重新过滤试试：--minGO 80 你的平均测序深度如果很低，要降低 --minDP ， 还有降低 --max-missing
回答于 2026-11-02 09:45
提取snp位点时，chr.list文件要把scaffold放进去吗？如果是14条...
对的 scaffold 也要放进去，有些scaffold上也有基因值得关注； 根据自己的需要可以不放scaffold
回答于 2026-11-02 09:41
为什么会报“非法指令” (Illegal instruction)？
是什么系统下的docker？ 这个是编译错误，可能需要换个电脑试试：https://www.omicsclass.com/article/1891
回答于 2026-10-29 10:41