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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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老师您好,我按照课程提供的流程泡自己的数据,在构建进化树的时...

对的,这是phylip文件格式的限制,样本名字最多10个字符,多出的字符自动截掉了,你可以自己修改一下样本名字再分析这部分内容;

回答于 2024-06-04 17:32

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老师,您好,我做基因家族分析时绘制表达模式热图,因为我的GFF3...

确保是同一套基因组,如果有对应列表可以对起来;如果没有建议你下载原始fastq文件做一下你的参考基因组的转录组分析: 这里有视频课程你可以看看:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

回答于 2024-06-04 09:59

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基因组组装和注释镜像中bwa报错

提示你的两个sai文件生成错误,你重新生成一下:

回答于 2024-06-04 09:57

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老师好,右边group1里面的两个wrky结构域,在左边这个图里咋体现...

对的左边的图没有体现;

回答于 2024-06-03 09:37

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样品有12条染色体,60个样品重测序样品,最后形成的总的clean vc...

这是最后一行吗,你看看后面是否还有其他染色体; 如果只有一条染色体,你看看前面分析数据的是不是有问题,比如参考基因组是不是只有一条染色体?

回答于 2024-06-03 09:32

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利用代码进行曼哈顿图制作中报这种错误,应该如何解决?

有参数限制一下长度,不要显示哪些短的scaffold

回答于 2024-06-03 09:30

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我使用hmmsearch时弄出来的文件是空文件夹这是为什么嘛? 我下载...

没生产文件,看看有什么报错吧; 没在windows下用过这个,建议用我们的docker分析吧:https://bdtcd.xetslk.com/s/1BAqPp

回答于 2024-05-30 12:40

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安装~/velocyto.py 报错

换一种安装方法: git clone https://github.com/velocyto-team/velocyto.py.git cd velocyto.py python3 setup.py install 如果有包包错没有,可以直接用pip安装: pip3 install Cython  pysam loompy

回答于 2024-05-29 09:33

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老师 下面这个问题需要怎么解决呀 希望老师能给我解决这个问题...

你的命令行应该改一下,怎么还是Hind III呢,当然跑步过去了; mboI 和dnpⅱ 两种酶切位点一样,用哪个都行;

回答于 2024-05-28 16:32

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单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因时报错

可能是由于选择的差异分析方法和筛选条件太严格,导致没有找到差异的marker基因,你可以换个方法,并且降低筛选条件,例如: Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindAllMarkers --test.use  wilcox   --logfc.threshold 0.2 例如这里有文献用M...

回答于 2024-05-28 09:46