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GWAS的Bonferroni校正阈值
p=0.05/n(n为标记数） p=0.01/n(n为标记数） 都是可以的，这就是Bonferroni校正。做GWAS分析现在用重测序技术也就是利用SNP标记进行关联分析，重测序数据SNP的标记至少都是百万级的。所以通过矫正之后p值就很小了；
回答于 2019-10-31 10:11
老师，我们之前在NCBI已经上传过一株弧菌的二代测序基因组序列，...
一个projet下面可以有很多biosample，是可以上传到一个bioproject下面的，一篇文章有可能既做了二代测序又做了三代测序； 三代数据也是上传到SRA数据库，对上传不了解可观看视频课程学习：NCBI数据上传、二代fastq测序数据解读、
回答于 2019-10-31 09:55
Python 版mcscanx出现AttributeError: 'LayoutLine' object has...
你文件里面是不是多了这个，你把它删除试试
回答于 2019-10-31 09:51
获得结构域后进行clustalw比对没有结果
你输入的clustalw序列里面有重复的ID，你需要修改一下，再输入。 类似问题: https://www.omicsclass.com/question/1621
回答于 2019-10-30 12:45
老师您好，这两天在ensembl上下大豆整个的注释文件之后，打开发...
ensembl上下载的应该没有问题的，你再仔细检查一下。 再多看看其他的ID，GFF里面的ID与cds pep序列的ID手动搜索对应看看；
回答于 2019-10-30 09:32
mac上如何安装和使用mcscan做共线性分析？
不知道你是那一步出现错误，过不去。 MCScanX安装问题我们有biolinux虚拟机，软件都安装好了， 直接用就可以，mac上安装虚拟机：https://www.omicsclass.com/article/526 共线性分析有视频课程建议学习：学习链接：基因家族分析实操课程、
回答于 2019-10-29 14:20
运行echo "dup_gene_paired.fa dup_gene_paired.aln dup_gene_pa...
这个是快捷方式，你可以按照视频中的操作手动运行clustalw，这样可以设置其他不同的选项； 学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读
回答于 2019-10-29 10:36
宏病毒组得到的contig如何做系统发育分析，包括如何选取合适的序...
可以预测里面的基因，然后把基因截取出来，不同的样品按照基因的顺序链接成一个supergene，然后做多序列比对（clustalw），之后做进化树（MEGA）。 序列的批量截取合并，建议学习perl，或者python 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精...
回答于 2019-10-29 09:54