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基因 定位到染色体时,获取染色体的位置信息报错[fai_build_core...

可能你的fasta文件不是标准的格式,你看看Chr2序列折叠之后长度是否一致;

回答于 2019-11-06 17:46

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老师你好,关于基因家族成员的鉴定

不同的人鉴定出来的基因数量可能会有些许差异,正常的。只要分析的步骤严禁的,一般都能发文章的;

回答于 2019-11-06 14:47

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用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so rev...

建立索引这一步很消耗内存,几百G以上内存的节点运行一下试试;

回答于 2019-11-06 14:46

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为什么第一次搜索结构域搜出来是空的?

如果输入的文件都没有错误的话,可能真的就是没有;

回答于 2019-11-06 14:44

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基因家族加倍复制时,blastall所有基因比对所有基因,程序运行了...

运行时间和电脑的配置与基因的数量有关。如果电脑性能差,基因数量大,运行会慢一些,耐心等待。 2018年买的5000元的笔记本电脑,40000 vs 40000基因比对,大概运行一天时间,你可以参考一下;

回答于 2019-11-04 17:09

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hmmsearch的输出文件的E值可以向大调吗?

可以的 根据自己的需要调整

回答于 2019-11-04 16:49

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hmmer搜索提取结构域时出现错误

二次搜索是可选分析,你确定你的家族需要二次搜索? 第二次你的文件是不是编辑过,导致脚本读取基因上结构域的位置出现偏差?

回答于 2019-10-31 16:21

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本地blast,查询模式物种的蛋白家族

NCBI蛋白数据库搜索种子基因的蛋白序列然后到自己物种的蛋白中比对搜索。 一般都能找到种子序列的,你再找找看,或者你自己不会找所以没找到,或者再看看相关文献, 我们课程里面有这部分详细教程:学习链接:基因家族分析实操课程、

回答于 2019-10-31 16:18

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老师好,有个文章中的基因家族成员列表中的Genomic locus的 BAC/...

你看到的name可能是别人重新命名了,你可以看看文章里面有没有附录,可能有对应的基因组上的ID,就行我们课上讲解的白菜WRKY那两个文章的:基因家族分析实操课程、

回答于 2019-10-31 14:29

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QQ-normal

基因表达量的值一般符合负二项分布的。

回答于 2019-10-31 10:12