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关于TCGA的下载，学了课程还是遇到点问题，求老师指点
数据下载，可根据TCGA网站的筛选条件添加GDCquery()参数，详情见： https://www.omicsclass.com/article/1060
回答于 2019-11-11 16:00
老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛...
可以查看hmmsearch的帮助，自定义设置搜索参数：官方说明 http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf
回答于 2019-11-11 15:57
老师，请问我在甘蓝型油菜A09 染色体定位出一个区段200kb ，如何...
可以用MCScanX做比较基因组分析，看看其他地方是否有同源区域，具体操作过程可看基因家族实操课程：学习链接：基因家族分析实操课程、
回答于 2019-11-11 13:55
请问老师，gff 文件中有id 信息，但是cds 文件中只有转录本信息...
查看自己的GFF格式是否标准,主要看第二列，和最后一列； 第二列得有gene，mRNA信息，最后一列的ID要与CDS里面的转录本ID一致。就能适用课程中的脚本： https://www.omicsclass.com/article/816
回答于 2019-11-11 13:53
如果用blastp来找到的基因家住成员D或从已发表的文献中已获知家...
只要是ID列表就行，都可以使用的，程序主要读取文件第一列ID数据 除非是要截取结构域所在的位置，domain序列需要后续的位置信息。
回答于 2019-11-11 10:22
老师您好，请问一下在做WGCNA的时候，形状数据文件具体是哪种的...
是性状或者表型数据吧， 这个是样品的一些调查数据，如果你的样品没有表型数据就不能做关联数据
回答于 2019-11-11 10:21
老师，您好。我完全按照视频课程整理好自己的数据，按照相同的操...
看你用记事本编辑文件，可能遇到linux和windows编码不同导致错误（换行符不同），建议用专业的文本编辑器软件 notepad++； 并设置一下统一编码UTF-8格式：https://www.omicsclass.com/article/395 然后再根据课程中的示例数据，整理自己的数据再分析。
回答于 2019-11-11 10:20