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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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老师,在建立索引时,棉花整个基因组较大,对内存要求较高,棉花...

建立索引必须整个基因组一起建立; 如果想分开,做太麻烦了,后续所有的文件分析都需要分开;相当于你要做26遍分析;

回答于 2020-11-12 10:39

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老师,您好,按照教程,启动镜像后,要设置路径变量,按要求运行...

目录结构不一样,你要是更改了目录位置,工作目录workdir需要相应更改才可以; 如果想避免麻烦,目录结构和上课老师的目录结构保持一致;

回答于 2020-11-12 10:37

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同一物种不同基因组(已经组装好)之间可以call snp么

建议用野生型基因组作为参考基因组call SNP

回答于 2020-11-12 10:35

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老师,如果租用服务器,内存得选多大的?

先试试 200G内存吧,具体没有测试过棉花基因组需要的最大内存;

回答于 2020-11-09 15:23

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hmmsearch新建HMM模型之后再次搜索出现报错,请问老师什么原因

请使用我们课程提供的biolinux 里面安装的软件分析,一般不会出错;https://www.omicsclass.com/article/526 你这个可能是安装的hmmer版本不对,请安装:3.1b2  这个版本的hmmer试试;

回答于 2020-11-09 09:56

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为什么用plantcare预测顺式作用元件时,很多基因连基本启动子元...

可能是文件有问题吧,你看看这些基因上的哪个bed文件是否ID位置一致; GSDS网站:http://gsds.gao-lab.org/index.php

回答于 2020-11-09 09:49

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我用docker omicsclass/rnaseq 下载ncbi上转录组数据总是出现下...

下载数据,建议看看这个,使用其他方法试试; 网络的原因,不是系统软件的原因:https://www.omicsclass.com/article/964

回答于 2020-11-09 09:48

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老师,我做的物种是棉花,基因组约3.5G 利用组学大讲堂的方法建...

可以联系我们给建立一下索引,我们有超大型服务器;18510686562

回答于 2020-11-09 09:46

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老师您好,请问一下构建进化树的一些亚家族是依据什么把它们划分...

不同的家族划分方法不一样,你可以阅读该家族的相关文献,看看别人怎么划分的借鉴一下;

回答于 2020-11-04 10:10

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进化树构建出问题

建议删除一些差异大的区域,尽量用保守的序列构建进化树;

回答于 2020-11-04 10:08