提示词模版
【角色设定】你是一名____，负责____
【任务目标】请完成____
【背景信息】____
【步骤方法】请按____思路执行
【输出格式】用____（分点/表格/JSON等）展示结果
【注意事项】不得出现____，必须包含____
创建单细胞质控skills提示词：
skill-creator
用这个技能帮我创建一个单细胞转录组数据质控的skill，放到当前文件夹下的skills文件夹，
要求1:
用到的脚本需要拷贝一下，我需要分享给别人，
要求2:如果是人和小鼠
可以直接分析细胞周期，如果是非模式物种需要提供细胞周期文件才行，不提供不运行跳过，
要求3，输入文件不要写死了，需要用户提供；
示例脚本shell脚本：~/pbmc/02.data_QC.sh, 质控输出文件夹为脚本名字去掉.sh的后的名字
Scripts
文件夹在这里：~/pbmc/scripts/
， 非模式物种线粒体或者叶绿体基因名称特征可以到GFF和GTF文件中查找 Mt Pt
当我把这个skill分享给别人之后，别人使用我的这个skill
生成 shell脚本时，能自动设置scripts路径来自skill文件夹下的scripts/
创建单细胞拟时序分析skills：
用这个技能skill-creator
帮我创建一个单细胞转录组中拟时序分析monocle2的skill，放到当前文件夹下的.claude/skills文件夹中
,名字叫：cell-trajectory-monocle2
要求1:
用到的脚本需要拷贝一下，我需要分享给别人，
要求2:如果是人和小鼠
可以直接分析物种注释，--organism
hsa
--OrgDb
org.Hs.eg.db
参考脚本：~/pbmc/07.monocle2.sh
如果是非模式物种需要提供注释文件文件才行，不提供不设置下面的参数，如果提供需要看文件格式：你可以自己查看前10行获得文件格式：
--gene2pathway /share/ref/Zea_mays/annotations/kegg.gene2pathway.tsv
--gene2go /share/ref/Zea_mays/annotations/go.go_anno_result.tsv
默认分析branch1，
要求3，输入文件不要写死了，需要用户提供输入文件
拟时序分析示例脚本shell脚本：~/pbmc/07.monocle2.sh,
输出文件夹为脚本名字去掉.sh后的名字
的当前文件夹；
Scripts
文件夹在这里：~/pbmc/scripts/
，
当我把这个skill分享给别人之后，别人使用我的这个skill
生成 shell脚本时，能自动设置scripts路径来自skill文件夹下的scripts/
示例提示：
帮我做一下人PBMC单细胞质控
cellranger目录：~/pbmc/01.cellranger
样本信息表格文件：
质控标准：参数默认
当前文件夹下：创建工作目录
pbmc,
生成shells脚本我好运行,
输出到 当前工作路径下的pbmc
质控结果输出到 pbmc/02.data_qc
示例提示词 玉米：
帮我做一下单细胞质控，
我有一个玉米单细胞数据cellranger目录：~/maize_root/01.cellranger,
样本信息表格文件,
添加到metadata中,第一列为样本名称：/home/us001/maize_root/meta.tsv,
质控标准：We
applied the following criteria for filtering the low-quality cells and genes:
(1) each gene must
be expressed in at least 3 cells (Seurat parameter: min.cells = 3);
(2) each cell must have a minimum of 200 genes expressed and a maximum of 9000
genes expressed (min.features = 200,
nfeature_RNA < 9000);
and (3) cells with mitochondrial gene , expression levels exceeding 10% were
excluded.双细胞去除
Mt基因:
^ZeamMp
，Pt基因:
^ZemaCp
当前文件夹下：创建工作目录
maize, 生成sh脚本我好运行，质控目录
在 02.data_QC
玉米的gff文件在：
/share/ref/Zea_mays/Zea_mays.B73_RefGen_v4.50.gff3.gz
