bam文件转换fastq

转换bam文件为fastq文件

bedtools 转换bam文件为fastq文件


bamToFastq

Tool:    bedtools bamtofastq (aka bamToFastq)
Version: v2.25.0
Summary: Convert BAM alignments to FASTQ files.

Usage:   bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FQ>

Options:
        -fq2    FASTQ for second end.  Used if BAM contains paired-end data.
                BAM should be sorted by query name is creating paired FASTQ.

        -tags   Create FASTQ based on the mate info
                in the BAM R2 and Q2 tags.

Tips:
        If you want to create a single, interleaved FASTQ file
        for paired-end data, you can just write both to /dev/stdout:

        bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq


直接转换成fastq 例如可以:

bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmapped.fastq


结果如下

attachments-2019-03-Ty57fgvw5c8b3af457b49.jpg

如果需要区分出bam文件中paired reads 可以:

bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq



  • 发表于 2019-03-15 13:37
  • 阅读 ( 2491 )
  • 分类:软件工具

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Daitoue
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