clustalW命令行批量多序列比对

clustalw批量多序列比对

我们知道clustalw在linux当中是可以做多序列比对的,但是这个软件为交互式的,需要一步一步的输入指令,才能完成多序列比对:

例如输入,1 回车,输入序列文件,回车等等:

attachments-2018-11-XktOE6XF5be522435424e.jpg

要是简单的做一两个fasta序列文件比对的话我们还可以忍受,但是有几十上百的序列文件我们要比对的时候,就太不方便了;

这里给大家总结一个经验:可以将我们输入的指令都保存下来,\n 表示回车,然后像下面一样通过管道输入给clustalw,就可以批量运行了:


echo "1\nWRKY_domain.fa\n2\n1\nWRKY_domain.aln\nWRKY_domain.dnd\nX\n\n\nX\n" |clustalw2


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  • 发表于 2018-11-09 14:03
  • 阅读 ( 7613 )
  • 分类:软件工具

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