筛选VCF中指定位置变异位点
筛选VCF中指定位置变异位点
在做DNA重测序，BSA等项目都会遇到VCF文件，有时候会需要挑选出某些区域的变异信息。这里有简单的方法可以实现。
我们需要用到vcftools这款软件，它是专门处理VCF文件的工具，只需要一条命令就可以完成。
vcftools --vcf Variants.snp.unknown_multianno.vcf --chr A03 --from-bp 577700 --to-bp 607700 --out out_prefix --recode --recode-INFO-all
这里解释一下各个参数
--vcf 后面跟的是vcf文件
--chr 后面跟筛选区域所在的染色体
--form-bp 后跟筛选区域的起始位置
--to-bp 后跟筛选区域的终止位置
--out 输出文件的前缀
--recode 没有此参数则不会输出
- 发表于 2018-08-10 14:25
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- 分类：软件工具
