HISAT2比对时报错|sam文件为空白,summary文件为(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

attachments-2025-08-3jBLVrmt68aeaafea346e.pngHISAT2比对时报错|sam文件为空白,summary文件为(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL),后续检查了内存什么的下图attachments-2025-08-FWmgY8su68aeab4091d42.png请问为何执行不了,是运行空间不够还是什么?

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2 个回答

rzx

可用存储挺多的,但HISAT2比对过程对内存需求较高,也跟物种索引文件大小有关。可以在运行任务时通过top命令实时监控"%MEM"(进程内存占用占系统总内存的百分比)。

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

free -h 看看的,容器内存太少 任务占内存太多系统杀死了任务;

多给些内存给容器;

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