叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter
REPuter可注释叶绿体重复序列，包括4种类型，Forward（F）, Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。
REPuter 是可在线注释， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of...
REPuter可注释细胞器如线粒体或叶绿体的散在重复序列(Dispersed repeat)，包括4种类型，正向 Forward（F)，反向 Reverse (R)，互补 Complement (C)，回文Palindromic (P)。
REPuter 是在线注释的网站， 详情可参考文献 REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale
一、操作
REPuter网站 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer
1.进入网站后，点击Submission，之后上传自己的序列（fasta文件），上传成功之后点击next
2.根据需要选择不同类型的重复序列，注意把“Edit distance” 和 “Hamming distance” 的参数清空，不然后续容易出错，然后点击Next
3.选择自己需要的格式，建议选第一个，点击start calculation即可
二、结果文件
以下即为计算完成的界面，点击open interactive viewer，交互式打开，可以看到不同的散在重复类型，点击save as 保存结果
保存的结果如下
第一行 354466: 序列长度， 后面的0，45 分别为maximum allowed distance， minimum repeat size
下面每一列的分别为：
- 重复第一部分序列长度
- 重复第一部分起始位置
- 重复类型
- 重复第二部分序列长度
- 重复第二部分起始位置
- 重复距离
- E-value
注意：要自己整理结果文件，用 序列长度+起始位置 得到片段的终止位置
参考：https://www.jianshu.com/p/f94ba9df9c3e
- 发表于 2023-10-11 15:30
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