叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。 REPuter 是可在线注释, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of...

REPuter可注释细胞器如线粒体或叶绿体的散在重复序列(Dispersed repeat),包括4种类型,正向 Forward(F),反向 Reverse (R),互补 Complement (C),回文Palindromic (P)。

REPuter 是在线注释的网站, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale


一、操作

REPuter网站 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer


1.进入网站后,点击Submission,之后上传自己的序列(fasta文件),上传成功之后点击next

attachments-2023-10-7DOxjYt565264c9d42b6e.png


attachments-2023-10-DzS0pk3r65264a6889426.png


attachments-2023-10-0Vovo8hB65264ab15c94f.png


2.根据需要选择不同类型的重复序列,注意把“Edit distance” 和 “Hamming distance” 的参数清空,不然后续容易出错,然后点击Next

attachments-2023-10-UDV2fuvj65264b1542a59.png


3.选择自己需要的格式,建议选第一个,点击start calculation即可


attachments-2023-10-pDqvTqJ465264d092fb71.png


二、结果文件


以下即为计算完成的界面,点击open interactive viewer,交互式打开,可以看到不同的散在重复类型,点击save as 保存结果

attachments-2023-10-CUS5oWXW65264d4b4df04.png


attachments-2023-10-hNNAILUL65264e05548a5.png


保存的结果如下

attachments-2023-10-nPFTM3cK65264e75e51d9.png

第一行  354466: 序列长度, 后面的0,45 分别为maximum allowed distance, minimum repeat size


下面每一列的分别为:

  1. 重复第一部分序列长度
  2. 重复第一部分起始位置
  3. 重复类型
  4. 重复第二部分序列长度
  5. 重复第二部分起始位置
  6. 重复距离
  7. E-value


注意:要自己整理结果文件,用 序列长度+起始位置 得到片段的终止位置


参考:https://www.jianshu.com/p/f94ba9df9c3e


  • 发表于 2023-10-11 15:30
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  • 分类:软件工具

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星莓
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