ggplot2包绘制火山图
加载R包以及案例数据temp1

 library('ggplot2')
 head(temp1,10)
       -log10FDR      logFC Regulate
64170   1.971938 -2.2884388     Down
6674    1.864104 -1.2460804     Down
7401    1.864104  1.2950939       Up
57217   1.864104 -1.2676311     Down
50613   1.801074  1.6640064       Up
3433    1.801074  4.2696415       Up
54830   1.801074 -1.9012811     Down
54886   1.801074 -1.5446208     Down
6355    1.801074  1.4273926       Up
338324  1.801074  0.9592775   Normal

数据解释: 数据框temp1，行名为GeneID，第一列为-log10FDR，数据愈大，该基因变化为显著，第二列为logFC，实际表示log2FC，为差异变化倍数，第三列为上下调信息，基于第一列和第二列的信息的阈值进行筛选获得，需要给这一列信息进行设置，设置为有序因子，方便后续图片颜色设置

temp1$Regulate=factor(temp1$Regulate, levels=c("Up","Down","Normal"), order=T)

绘图,绘制成点图

P_volcano=ggplot(temp1,aes(x=temp1$logFC,y=temp1[,"-log10FDR"]))+
            geom_point(aes(color=temp1$Regulate))+

            #设置点的颜色

            scale_color_manual(values =c("Up" = "red", "Down" = "blue", "Normal" = "grey"))+
            labs(x="log2FC",y="-log10FDR")+

            #增加阈值线:分别对应FDR=0.05,|log2FC|=1

            geom_hline(yintercept=-log10(0.05),linetype=4)+
            geom_vline(xintercept=c(-1,1),linetype=4)+

            xlim(-5,5)+
            theme(plot.title = element_text(size = 25,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    legend.title = element_blank(),
                    legend.text = element_text(size = 18, face = "bold"),
                    legend.position = 'right',
                    legend.key.size=unit(0.8,'cm'),
                    axis.ticks.x=element_blank(),
                    axis.text.x=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    axis.text.y=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    axis.title.x = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    axis.title.y = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
                    panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"),
                    panel.grid.minor = element_blank(),
                    panel.grid.major = element_blank(),
                    plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = "black"))
P_volcano

结果如下：

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