merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

merge_tsv_files.r 根据共有ID横向合并表格文件

使用方法:

$Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -h
usage: /work/STAD_immu_demo1/scripts/merge_tsv_files.r [-h] -i input
                                                       [input ...]
                                                       [-b by [by ...]]
                                                       [-t type] [-p prefix]
                                                       [-o outdir]
merge tsv files by rownames
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i input [input ...], --input input [input ...]
                        input gct format file [required]
  -b by [by ...], --by by [by ...]
                        character vector of variable names to join by. If
                        omitted,will match on all common variables.
  -t type, --type type  type of join: left (default), right, inner or full
  -p prefix, --prefix prefix
                        output file name prefix [default demo]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]


使用说明:

-i 指定多个表格文件所在的路径

--by 两个表格共有ID所在列列名指定:

--type  合并类型,left 以最左边表格关键列的ID为准,不存在的ID会去除;inner取交集

使用举例:


Rscript $scriptdir/merge_tsv_files.r -i $workdir/metadata.tsv hclust/hclusters.tsv \
  immu/estimate_score.tsv -p metadata.group  --by barcode


  • 发表于 2021-06-21 21:46
  • 阅读 ( 253 )
  • 分类:TCGA

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