快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

3-5分蛋白质组学文章思路!

iTRAQ (Isobaric tag for relative and absolute quantitation,iTRAQ)和TMT(Tandem Mass Tag)是近年来应用最广泛的差异蛋白质组学技术,它们均采用体外标记的方法,利用同位素试剂标记蛋白质酶解后产生的多肽,对两个或多个样本,在全蛋白质组层面上展开相对定量分析。

随着实验技术的不断深入和完善,越来越多的研究者开始将研究重点从转录表达层面转移到了蛋白层面。

做了蛋白质组学分析之后,随之而来的问题就是数据的深入和文章的撰写,这让很初学者都头痛不已。

这里,小编就用一篇今年发表在frontiers in plant science的蛋白质组学文章给大家讲解一下相应的文章思路。

灰霉病是猕猴桃最重要的采后病害,本研究的目的是了解猕猴桃和灰霉病菌的相互作用,为灰霉病的防控提供新的见解和依据。

具体来说,文章是这样的:

实验材料的准备

选取大小均与且无伤口无腐烂的猕猴桃,经过消毒清洗风干后,用灰霉病菌孢子悬浮液和无菌水对果实进行接种,经过24h温育后进行取样。处理和对照各三个生物学重复,共6个样品。

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显微镜下观察病症发展状况

收集接种24小时、36小时以及3天后的猕猴桃,在显微镜下观察病症的发展状况。每个时间点重复三次,每个重复检查五个果实。

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蛋白质组学分析

通过与猕猴桃基因组比较,共鉴定出2487个蛋白。按照P<0.05、上调>1.33倍、下调<o.75倍的差异标准,共鉴定出292个差异蛋白,其中196个上调,96个下调。

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将鉴定出来的差异蛋白与KEGG、GO以及COG等数据库进行注释分析,发现许多差异蛋白参与了植物与病原体的相互作用、信号转导、翻译后修饰以及防御反应机制。

从差异分析的结果中挑选出了一些和细胞壁降解、MAPK级联反应、ROS信号转导以及PR蛋白等相关的差异蛋白进行详细的功能分析,并结合前人的研究结果进行相应的讨论和阐述。

RT-qPCR验证

从差异分析的结果中挑选了9个差异蛋白,并找到了对应的9个基因,用于RT-qPCR分析,以验证差异蛋白的准确性。结果表明所选择的差异蛋白对应基因的表达情况与蛋白组学分析结果一致。

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到此,这篇文章也基本完成了。文章思路并不复杂,设计简单明了,样品不多,性价比较高。

文章的重点是找到相关的差异蛋白或者代谢通路,并结合前人的研究结果进行相应的讨论,得出自己的结论。

如果您需要文章原文,您可以扫描下方二维码关注“组学大讲堂公众号”,然后回复“蛋白质组学文章”获取原文链接。

另外, 我们在网易云课堂上有不同的数据挖掘及文章套路讲解的视频教程,您可以点击以下链接进行观看:

链接:组学大讲堂--数据挖掘、文章套路视频教程 蓝字为超链接,可以点击。

http://m.study.163.com/provider/400000000234009/index.htm?share=1&shareId=1031484705

参考文献:

Liu J, Sui Y, Chen H, et al. Proteomic Analysis of Kiwifruit in Response to the Postharvest Pathogen, Botrytis cinerea[J]. Frontiers in Plant Science, 2018, 9: 158.

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