简单实验+蛋白质组=4分文章, So Easy!

做个镜检,测点酶活,来到组学做个蛋白,4分文章属于你!

近年来,随着分子生物学的迅速发展,蛋白质组学也越来越多的受到广大研究者的青睐,其相应的研究方法也取得了巨大的进步,一系列新技术融入了蛋白质组学研究中,iTRAQ就是其中比较有优势的一项技术。

目前来说,许多初学者对蛋白质组学研究思路以及文章撰写思路认识不清,处于茫然不懂的状态。
因此,小编就用一篇今年10月12号发表在“Frontiers in Microbiology”上的蛋白质组学文章为大家简单介绍一下研究思路。

01/研究材料

本文的研究对象是灰霉病菌,具体是采用茶树油(TTO)处理灰霉病菌,取未处理的作为对照组(CK),对照组和处理组各三个生物学重复。

02/研究方法

作者主要采用了三种实验技术:第一种是蛋白质组学分析(iTRAQ);第二种是显微镜检测(明视野显微镜和荧光显微镜);第三种是酶活检测。

03/研究结果

蛋白鉴定:通过蛋白质组学分析,鉴定出灰霉病菌相关蛋白2397个,其他指标如分子重量、等电点、覆盖度等如下图所示。

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DEPs鉴定:处理组和对照组间蛋白差异倍数大于1.5倍或者小于0.67倍,且p<0.05,则认为蛋白是差异表达的。以此为标准,共鉴定出708个差异蛋白(DEPs),其中17个上调,701个下调。 差异结果如下表。

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GO注释:通过GO富集分析,562个DEPs被注释到了30个GO terms。生化过程注释了12个GO terms,细胞组份注释到7个GO terms,分子功能注释到11个GO terms。

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KEGG注释:通过KEGG富集分析,把562个DEPs注释到了133个不同的生化途径,包括糖酵解、TCA循环以及嘌呤代谢途径。

显微检测:PI是一种比较容易穿透受损细胞膜,和DNA结合的红色荧光指示剂。研究者分别使用明视野显微镜和荧光显微镜对灰霉病菌细胞进行镜检,发现对照组的细胞没有红色荧光,处理组的细胞有红色荧光。这表明对照组有完整的细胞膜,而处理组由于TTO破坏了细胞膜的完整性,从而导致了红色荧光的产生,这也很有可能会导致细胞死亡。

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酶活检测:苹果酸脱氢酶(MDH)、柠檬酸合酶(CS)以及酮戊二酸脱氢酶(OGDH)是TCA循环过程中的三种关键酶。作者对这三种酶活进行了检测,结果发现:在处理组细胞中,这三种酶的活性都显著下降(分别下降87.4%、53.3%以及40.3%)。

讨论:最后,作者结合前人的研究成果,加以自己的见解,做了总结性讨论。也证明了TTO处理灰霉病菌中蛋白质的影响,主要是糖酵解、TCA循环以及嘌呤代谢被抑制,也导致了细胞色素c含量的增加。

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总结:到这里,这篇4分的蛋白质组学研究的文章就完成了,思路清晰且简单,可以供大多数初学者学习借鉴。

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  • 发表于 2018-04-21 18:22
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  • 分类:文献解读

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生信老顽童
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