简单的蛋白质组实验怎么炼成4分文章

3个时间点、2个生物学重复、0验证、4分文章,可能么?当然可以!

闲话少说,现在开讲

文章解读

01/研究材料

本文的研究对象是弓形虫(Toxoplasma gondii),研究者选取了弓形虫的三个发育时期的样品:T-速殖子(tachyzoite)、C-包囊期(bradyzoites-containing cyst)以及O-卵囊期(sporulated oocyst),每个时期两个生物学重复。


02/研究方法

本文没有高深的实验技术,也没有复杂的分析方法,只是对选取的样本进行了iTRAQ蛋白质组学检测,并进行了相应的生物信息学分析。

03/研究结果之蛋白质鉴定及差异分析

作者通过iTRAQ分析,共鉴定出6285个蛋白质,三个差异组合(O vs. T、T vs. C、C vs. O)的差异蛋白数分别为:875、656、538。同时,作者将每个组合的上调和下调差异蛋白进行了统计,并绘制了相应的柱状图。

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04/研究结果之DEPs的GO注释

作者将鉴定的DEPs进行了GO注释,结果发现三个差异组合(O vs. T、T vs. C、C vs. O)分别注释到了:3371、2846、1998个GO terms,并且作者也对三个差异组合注释到不同GO terms上的DEPs进行了统计。

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05/研究结果之DEPs的KEG注释

作者对这3个差异组合(O vs. T、T vs. C、C vs. O)的DEPs进行了KEGG注释,分别有401、654、536个DEPs注释到了KEGG代谢通路上。同时,作者对每个差异组合中上调和下调DEPs在KEGG代谢通路上的注释情况进行了统计。

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06/研究结果之致病因子及核糖体蛋白的表达模式分析

为了研究弓形虫整个生命周期中致病因子的表达模式,作者对所有组别中都出现的23个致病因子的表达水平进行了分析。同时,作者对三个不同阶段的差异表达的核糖体蛋白进行了分析。

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07/研究结果之DEPs的蛋白互作分析


作者对3个差异组合的DEPs进行了蛋白质互作分析,并绘制了蛋白质互作网络图。

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08/讨论


最后,作者结合前人的研究进展和自己的研究结果进行了讨论,这样一篇4分的蛋白质组学文章就完成了。

总结

从本文可看出蛋白质组学文章还是比较好发的,起码来说4分左右的文章不需要太多的补充实验和花哨的分析内容,这也比较符合许多初学者的胃口。


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  • 发表于 2018-04-21 18:14
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  • 分类:文献解读

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生信老顽童
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