问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

运行这个命令的时候perl get_fa_by_id_from_bed.pl ATH.bed Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa ATH.cds 脚本：#北京组学生物科技有限公司 #email: huangls@biomics.com.cn die "perl $0 <idlist> <fa> <OUT>" unless ( @ARGV == 3 ); use Math::BigFloat; use Bio:...

文章 MNP标记设计中DP的计算方法

...标记设计中多态性窗口的筛选标准为DP指标： DP= t / c ( N ,2)，其中c ( N ,2) 是N 个品种中任意两种的品种组合对数， t是每对品种在窗口内至少有两个分散的 SNP 的数量。 如下所示： 假如有3个品种，1个窗口内有3个SNP。其中品种1...

问题 重测序

我用的指令是nohup sh 2.data_qc.sh >2.data_qc.sh.o& ， 现在显示的错误是cat: /data/data.txt: No such file or directory 但是我把这个命令粘贴到屏幕上就可以运行，在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下 for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do ec...

文章 数据分析代码2__用法

...以看一下，具体代码见文章 https://www.omicsclass.com/article/2329

问题 基因染色体定位

在做基因染色体定位时，输出的map_to_RNA文件为下图，只有Contig，没有染色体号 输出的fai文件格式为下图，有染色体号，也有Contig号，怎么确定Contig上的基因在染色体上的位置呢？Contig和染色体的对应关系怎么查？Mapchart所需文...

问题 下载docker是出现这个问题

docker: error pulling image configuration: download failed after attempts=6: dialing production.cloudflare.docker.com:443 no proxy configured: connecting to 69.171.247.32:443: dial tcp 69.171.247.32:443: i/o timeout.

问题 请问老师2个基因家族得ID怎么在一个共线性绘图里面表示出来，就像这样得图。

这个图怎么做的。

文章 perl中对数组字符串取交集，并集，差集包

...if ( !array_diff(@a, @b) ) {         # do something } # get items from array @a that are not in array @b my @minus = array_minus( @a, @b );包的详细帮助：https://metacpan.org/pod/Array::Utils

问题 老师您好，我想问一下这2个挂载图哪个是对的呢，为什么会出现这个情况呢

文章 R语言输出pdf图片，如果有中文出现乱码解决办法

...有一种字体可选。例子： pdf("chinese.pdf",family="GB1")plot(m2,xlab="高度",ylab="体重",main="统计")dev.off() 这里字体参数family只能设置成"GB1"(不知是否还有其他字体可选)，默认宋体。 2、使用Cairo包，使用CairoPDF()函数输出 在使用C...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107)

...7 \ --nUMI.min 500 \ --nUMI.max 50000 \ --nGene.min 250 \ --mito.gene.pattern "^MT.*-" \ --percent_mito 20 \ --log10GenesPerUMI 0.8 \   -o 01.qc -p BRCA_E-MTAB-8107  --metadata E-MTAB-8107_BRCA_metadata.tsv​​ Rscript $scripts/seurat_sc_cluster.r --rds 01.qc/BRCA_E-MT...

问题 差异基因表达分析

差异表达分析出现以下信息 ### Failed to create bus connection: No such file or directory Warning message: ###Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ###Please use `linewidth` instead.   是否是正确的  以及输出文件仅有4个 与课程视频中...

问题 1.记事本的内容怎么通过perl语言得到2.记事本的内容呢？有人可以指导下吗？谢谢

问题 WGCNA分析内存的问题

...因进行分析时，在计算TOM值时总出现“cannot allocate vector of size 1.6GB.”这是为什么呢？样品数和基因数变少却无法计算。（实验室服务器64位操作系统，16GBRAM）有什么解决方法么？

问题 GSEA基因表达数据文件报错

<Error Details> ---- Full Error Message ---- There were errors: ERROR(S) #:1 Parsing trouble edu.mit.broad.genome.parsers.Par ... ---- Stack Trace ---- # of exceptions: 1 ------Bad rowname - cant be empty at: 0 >