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WGCNA分析内存的问题

前段时间对80个样品，20000个基因进行WGCNA分析，可以顺利分析；最近对34个样品，14000个基因进行分析时，在计算TOM值时总出现“cannot allocate vector of size 1.6GB.”这是为什么呢？样品数和基因数变少却无法计算。（实验室服务器64位操作系统，16GBRAM）有什么解决方法么？

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分类：WGCNA

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1 个回答

Daitoue 2019-01-16 09:11

除了提高配置之外的办法

1、对基因进行筛选一下，筛选一下变化差异大的基因

2、调整分析流程，除了标准流程外，WGCNA官网还提供了一套针对大数据量的流程进行分析，具体的你可以参考，基本思路一直，代码有差别：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/

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kuku93 提出于 2019-01-15 21:22