文章 快速生成iTOL配置文件美化你的进化树

... . 示例数据 1. 进化树数据 abunt-tree.nwk： ((OTU_47:0.101892516,OTU_46:0.205918075)0.999:0.12637554249999997,((OTU_7:0.079452354,(OTU_9:0.03389913,OTU_35:0.011411273)0.857:0.016187755)0.936:0.055036757,(((OTU_10:0.178702248,(OTU_27:0.105807393,(OTU_21:0.021742283,OTU_23:0.036247052)1.0...

问题 重测问题

...base_limit 10 \    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \    -I $datadir/${i}_2.fastq.gz \    -o ${i}_1.clean.fastq.gz \    -O ${i}_2.clean.fastq.gz \    --detect_adapter_for_pe \    -h ${i}.html -j ${i}.json"fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit...

问题 docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下：Segmentation fault

docker运行qiime1时按照教程进行到章节2课时6时，即聚类生成OTU-denovo时老是报错，查看类似问题后，升级了运行内存为70g，同时将教程内的30多个样本减成2个样本，FASTQ格式还有qimme格式检查都正确，依旧报错，报错内容如下： pic...

文章 互联网女皇疫情报告，数字化企业将在今后竞争中获得优势

...大的居家办公群体诞生，数字转型的进程正在加快。新的工作与生活平衡已经达成。在许多因此“重塑”的行业中，远程医疗、快速即时诊断、自动化AI等科技与医疗保健的结合，或许正响应了“时代的召唤”。 Mary Meeker指出...

问题 reads 与基因组进行比对map

按照老师讲的输入命令，命令如下： hisat2 -p 1 --rg-id=SRR1107723_1 --rg SM:SRR1107723_1 --rg LB:SRR1107723_1 --rg PL:ILLUMINA -x $REF_INDEX --dta -1 $workdir/2.data_qc/SRR1107723_1.clean.fq.gz -S SRR1107723_1.sam 2>SRR1107723_1.summary 结果中只有SRR1107723_1.summary，打开...

文章 要想让955≥996≥007，提升效率是关键！

...引起大家关注，所谓996，是指上班时间早9点-晚9点，一周工作6天，这一工作制度几乎成为互联网企业加班的代名词。 当然，在当前这种竞争异常激烈的条件之下，很多公司为了在竞争中活下来，在各种压力之下开启了这种工...

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

文章 hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

使用hisat2-build对基因组建索引时遇到如下报错： Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: hisat2-build --wrapper basic-0 -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevelDelet...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...<- as.character(sign_rbsure_gene_names) MHR <- round(Multi_sum$coefficients[,2],2) MPValue <- round(Multi_sum$coefficients[,5],3) MCIL <- round(Multi_sum$conf.int[,3],2) MCIU <- round(Multi_sum$conf.int[,4],2) MCI <- paste0(MCIL,'-', MCIU) Multi_cox <- data.frame('Characteristic...

文章 外显子比对率太低，参考基因组索引建立refFlat.txt文件有问题：

...oft/java/jre1.8.0_73/bin/java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/share/work/database/ref/Saccharomyces_cerevisiae/Yeastgenome/refFlat.txt INPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/1.Mapping/3ts-30mi...

文章 打破部门壁垒，提升跨部门协作效率，让沟通更加有效

...与中层管理者之间，花费在内部沟通上的时间，大约占其工作时间的40%-50%，对于更高层的主管来说这一比例则会更高。 有些工作在部门内沟通完全没问题，但是跨部门沟通就问题不断；一项工作分配好由一个部门主导另一个部...

文章 R 安装magick 报错

...DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so':   /share/work/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so: undefined symbol: _ZN6Magick5Image5writeEPNS_4BlobERKNSt7__cxx1112b...

问题 使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 命令报错

老师，您好！使用singularity exec /share/singularity_images/ampliseq-q2_v1.4.sif /biosoft/miniconda/envs/picrust2/bin/picrust2_pipeline.py 运行课程中的命令时，出现如下报错界面

问题 asv分类报错

...lassify-sklearn \   --i-classifier $silva_classifier \   --i-reads ../02.feature_table/repset-seqs.qza \   --p-n-jobs 10 \   --p-confidence 0.7 \   --o-classification taxonomy.qza 报错 Traceback (most recent call last):  File "/root/miniconda3/envs/qiime2-amplicon-2024.2/lib/python3.8...

文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

...amtools.SAMException: Exception when processing alignment for BAM index A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.        at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:124)        at htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.addAlignment(SAMFileWriterImpl.java...