reads 与基因组进行比对map

按照老师讲的输入命令,命令如下:

hisat2 -p 1 --rg-id=SRR1107723_1 --rg SM:SRR1107723_1 --rg LB:SRR1107723_1 --rg PL:ILLUMINA -x $REF_INDEX --dta -1 $workdir/2.data_qc/SRR1107723_1.clean.fq.gz -S SRR1107723_1.sam 2>SRR1107723_1.summary

结果中只有SRR1107723_1.summary,打开SRR1107723_1.summary,内容最后两行为:Error: Must specify at least one read input with -U/-1/-2/--sra-acc
(ERR): hisat2-align exited with value 1
这个问题是我电脑内存不够还是什么原因导致这个错误,望老师给予解答!
下面为我的数据文库信息
Library:
Name: IC-72-3
Instrument: Illumina HiSeq 2000
Strategy: RNA-Seq
Source: TRANSCRIPTOMIC
Selection: RT-PCR
Layout: SINGLE
Spot descriptor:
forward

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  • Sirius 提出于 2020-11-30 01:24

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