外显子比对率太低,参考基因组索引建立refFlat.txt文件有问题:

转录组索引
统计基因区域覆盖比例命令:
/share/work/biosoft/java/jre1.8.0_73/bin/java -jar /share/work/biosoft/picard/picard-tools-2.1.0/picard.jar CollectRnaSeqMetrics REF_FLAT=/share/work/database/ref/Saccharomyces_cerevisiae/Yeastgenome/refFlat.txt INPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/1.Mapping/3ts-30min/3ts-30min.bam OUTPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/2.Map_stat/3ts-30min.map_base.stat CHART_OUTPUT=/share/nas1/renzx/project/zx-20211019-394-1_ref_15jiaomu/ano/2.hisat2_stringtie/2.Map_stat/3ts-30min.Normalized_Distance_Along_Transcript.pdf STRAND_SPECIFICITY=NONE VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT


attachments-2022-01-OMfQJQHm61df8656152fb.png

refFlat.txt 文件行数过少导致出错:


查看原因:

生成该文件报错,导致生成的基因区域过少

gtfToGenePred -genePredExt saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txt
no exons defined for group HRA1, feature noncoding_exon (perhaps try -ignoreGroupsWithoutExons)


改进:

gtfToGenePred -genePredExt -ignoreGroupsWithoutExons saccharomyces_cerevisiae.gtf refFlat.tmp.txt




  • 发表于 2022-01-13 09:57
  • 阅读 ( 54 )
  • 分类:转录组

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

510 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 510 文章
  2. 安生水 252 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 74 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章