找到约 15 条结果

问题 老师，我利用脚本得到对应基因的蛋白序列： perl script/get_fa_by_id.pl WRKY_removed_redundant_IDlist.txt Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pe p.all.fa WRKY_pep_need_to_confirm.fa 时，程序出现错误。 ，这是怎么回事啊？

这是输出的结果 这是脚本

文章 外源插入位置查找好方法

...言。 参考文献： Esher SK, Granek JA, Alspaugh JA. Rapid mapping of insertional mutations to probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.

文章 NCBI检索叶绿体基因并快速下载

...实在NCBI检索结果页面的检索框下方会有个不起眼的"send to"按钮，这是快速下载检索基因序列的关键。 这个send to 可以理解为保存检索结果，有很多种方法可以保存检索结果，比如用clipboard（暂时的），my NCBI collections（不限时的...

文章 2024最新版《基因家族分析实操》直播培训开始报名了！

...期刊上！ 比如一区的Horticulture Research、International Journal of Biological Macromolecules、Industrial Crops and Products 上不乏该类文章。 目前来看，基因家族分析加qPCR+亚细胞定位实验基本就可以发到二区期刊，如果有更多的功能验证...

文章 NCBI 基因组文件下载——datasets

datasets和dataformat是NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o datasets 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v2/linux-amd...

问题 植物线粒体组装unicycler软件里的spades报错

... General                 (kmer_coverage_model.cpp   : 218)   Too many erroneous kmers, the estimates might be unreliable  * 0:07:10.518  1785M / 18G   WARN    General                 (kmer_coverage_model.cpp   : 327)   Valley value was estimated improperly, reset to ...

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

...tmp*, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels Calls: aov ... model.matrix.terms -> model.matrix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的时候只分为了3类，core, dispensable和private。是这个...

问题 扩增子OTU分析报错

...VA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna --id_to_taxonomy_fp /work/database/SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/16S_only/97/taxonomy_7_levels.txt --assignment_method uclust --similarity 0.8 Command returned exit status: 1 Stdout: 用的ampliseq-q1:v1.2的版本，程...

问题 GeMoMa报错

...lArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.Exception in thread "main" java.lang.RuntimeException: Did not finish as intended. java.lang.IllegalArgumentException: You selected cdsParts=true, but the ID (gene-si:)seems to be no CDS part.   应该如...

问题 perl脚本去除fa文件中ID重复的序列

... Bio::Seq;#get optsmy %opts;GetOptions(\%opts, "fa=s", "fq=s", "fq1=s", "fq2=s", "f=s", "od=s", "n=s", "h");if(!defined($opts{f}) || !defined($opts{od}) || !defined($opts{n}) || defined($opts{h})){print <<"Usage End.";UsageForced parameter:-fa  C:/Users/Administrator/Desktop/comammoxfungene/c...

文章 awk正则表达式使用外部变量

...行这些命令。 例如： eval $(awk 'BEGIN{print "var1='str1';var2='str2'"}')或者eval $(awk '{printf("var1=%s; var2=%s; var3=%s;",$1,$2,$3)}' abc.txt) 之后可以在当前shell中使用var1,var2等变量了。 echo "var1=$var1 ----- var2=$var2"

文章 进化树构建方法及原理

...次是最大似然法，然后是最大简约法。 Hall BG. Comparison of the accuracies of several phylogenetic methods using protein and DNA sequences. Mol Biol Evol. 2005 Mar;22(3):792-802. doi: 10.1093/molbev/msi066. Epub 2004 Dec 8. Erratum in: Mol Biol Evol. 2005 Apr;22(4):1160. PMID: 155909...

文章 生存分析的一些基本概念

...时间段期初观察例数。条件生存概率(conditional probability of survival)：某时段开始时存活的个体，到该时段结束时让然存活的可能性p=某年存活满一年的人数/某年年初人口数=1-q，如果年内存在删失数据，需要对分母进行校正，校正...

问题 paircoil2使用报错

具体报错如下 ERROR: Error while reading from <GenFreq> file

问题 单细胞测序数据差异基因KEGG富集分析

...ndMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc  --idtype SYMBOL报错：nohup: ignoring input Failed to create bus connection: No such file or directory please set right --idtype you input to analysis, The example ID types...