单细胞测序数据差异基因KEGG富集分析

 单细胞测序数据分析时,差异基因/marker 基因功能GO/KEGG富集分析,执行此代码Rscript $scripts/enrichKEGG_pip.r --gene.list FindMarkers.deg.Enterocyte.AvsB.tsv -o KEGG -n deg.Enterocyte.AvsB --pvalueCutoff 0.05 --ann.db org.Ss.eg.db --organism ssc  --idtype SYMBOL报错:nohup: ignoring input

Failed to create bus connection: No such file or directory

please set right --idtype you input to analysis, The example ID types below are supported: 

 [1] "ACCNUM"      "ALIAS"       "ENTREZID"    "ENZYME"      "EVIDENCE"   

 [6] "EVIDENCEALL" "GENENAME"    "GO"          "GOALL"       "ONTOLOGY"   

[11] "ONTOLOGYALL" "PATH"        "PMID"        "REFSEQ"      "SYMBOL"     

[16] "UNIGENE"     "UNIPROT"    

'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns

Reading KEGG annotation online:


Reading KEGG annotation online:


--> No gene can be mapped....

--> Expected input gene ID: 

--> return NULL...

NULL

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 

  unable to find an inherited method for function ‘dotplot’ for signature ‘"NULL"’

Calls: dotplot -> <Anonymous>

Execution halted

想请教下老师问题在哪?应该怎么解决?因为GO分析就正常分析,没有报错,KEGG富集分析却出现问题。麻烦老师解答,谢谢老师。
请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

目前只支持 人和小鼠 ,其他物种不支持;

非模式物种KEGG GO富集分析可以看看这个课程:


组学大讲堂 发现一节好课

RNAseq有参转录组数据自主分析

点击课程:https://bdtcd.xetslk.com/s/29EigM

请先 登录 后评论