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问题 老师您好，下载镜像失败显示这个该怎么解决？

Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": net/http: request canceled while waiting for connection (Client.Timeout exceeded while awaiting headers)

问题 MCScanX报错

Reading control file error: For input string: "800     //plot width and height (in pixels)" Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: Width (0) and height (0) cannot be <= 0 at java.awt.image.DirectColorModel.createCompatibleWritableRaster(DirectColorModel.java:1016) at...

问题 运行DESeq2出错

各位老师，可以帮我看一下吗 Error in h(simpleError(msg, call)) :   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': could not find function "cpm"Calls: std_two_condition_comp_deseq2 -> new_DGE_list -> rowSums -> .handleSimpleError -> h

文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...er/clean.sorted.vcf.gz  \    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 1. FastTree 构建进化树 FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件，它最大的特点就是运行速度快，支持几百万条序列的建树任务。但是fasttree不支持bootstr...

问题 fst_pi_select_sweep.r软件不可用

[root@eff2c0ebb6b8  08:44:02 /work/3.map/vcf]# fst_pi_select_sweep.r --fst F-G.fst  --pi1 FS_F.pi --pi2 FS_G.pi --zscore --log2 -A FS_F -B FS_G -c 0.05 -n fst-pi.F-vs-G  -f pdf bash: /work/3.map/scripts/fst_pi_select_sweep.r: /biosoft/miniconda/bin/Rscript: bad interpreter: No such file or direc...

文章 awk统计某列中文本次数

统计下面文本中，第一列文本出现的次数（第2列没什么意义） gene    1cds    2gene    3gene    4rna    5cds    6 awk命令如下： awk  '{sum[$1]++}END{for(i in sum) print i "\t" sum[i]}' example.txt 结果如下： cds     2rna     1gene    3

文章 deg_heatmap.r 差异表达基因热图展示

使用说明： 参数说明： 使用举例： 结果展示： 参考文献： Kolde, R. Pheatmap: pretty heatmaps, R package v. 16 (R Foundation for Statistical Computing, 2012).

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...meric matrix with at least 5 rows and at least 2 columns (if y is absent). For print, x is an object produced by rcorr. 另外的一个知识点：如果想要用某个包里的函数，有两种办法， 第一种办法是先使用library()函数加载这个包，然后直接输入函数名； ...

文章 进化树美化操作详解- iTOL

...签字号、颜色、加粗、倾斜。 Position：叶标签之间对齐or标签放在枝顶端与枝对齐。 Alignment：叶标签字母靠左对齐or靠右对齐。 Rotation：选择“On”使左侧标签旋转180°便于阅读。 Shift：标签与进化枝之间距离。 Line style：调...

文章 错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

...~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 如果是使用zsh的mac，则是修改~/.zshrc文件 # Setting for the new UTF-8 terminal support in Lion LC_CTYPE=en_US.U...

问题 用W11安装docker后，docker search omicsclass出错

用W11安装docker后，docker search omicsclass出错 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": dialing index.docker.io:443 container via direct connection because  has no HTTPS proxy: connecting to index.docker.io:443: dial tcp 108.160.172.1:443: ...

问题 电脑内存不能升级，运行Rstudio内存一直上升，请问还有其他方法解决这个问题吗。

...ct <- "TCGA-LUAD" > data_category <- "DNA Methylation" > platform <- "Illumina Human Methylation 450" > sample_type <- "Primary solid Tumor"    > legacy <- FALSE > # 工作目录如果不存在，则创建目录 > if( !file.exists(work_dir) ){ +   if( !dir...

文章 R语言绘制差异表达火山图

...vtools") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){ install.packages(p, warn.conflicts = FALSE) suppressWarnings(suppressMessa...

问题 GO富集气泡图和柱状图一样报错

... = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   number of items read is not a multiple of the number of columns Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, GO$Pvalue == 0, "Pvalue", value = 1e-15) :    missing values are not allowed in subscripted assignments of data frames Calls: [<- -> ...

问题 利用perl脚本提取基因上游的1500bp（指定位置）序列时提示出现Incorrect parameters to subseq的错误

...file => "$ARGV[0]",                                  -format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",                                  -format => 'Fasta');my %keep=() ;open IN,"$ARGV[0]" or die "$!";my%ref=();while ( my $seq = $in...