找到约 15 条结果

文章 R 安装github包报错：

...HUB_PAT. Use `gitcreds::gitcreds_set()` and unset GITHUB_PAT in .Renviron (or elsewhere) if you want to use the more secure git credential store instead. Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub:   HTTP error 401.   Bad credentials   Rate limit remaining: 53/60   Rate limit ...

文章 edger_analysis.r 差异基因分析edgeR

...l, default: 1] -X x.lab, --x.lab x.lab the label for x axis [optional, default: log2FC] -Y y.lab, --y.lab y.lab the label for y axis [optional, default: -log10(FDR)] -T title, --title title the label for main title [option...

文章 pophelper包安装

...oyfrancis/pophelper') 安装成功后加载pophelper包 # load library for uselibrary(pophelper) 详情可参考：https://www.royfrancis.com/pophelper/

文章 使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗？

...lRealigner，但是最近GATK官网说明如果用最新的HaplotypeCaller or MuTect2 Call  SNP的时候就不必再用这种方法处理bam文件，链接地址及说明如下：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_indels_Indel...

文章 染色体挂载：LACHESIS 安装

export LACHESIS_BOOST_DIR= export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/share/work/biosoft/samtools/samtools-0.1.19/ ./configure --prefix=/share/work/biosoft/LACHESIS/ --with-samtools=/share/work/biosoft/samtools/samtools-0.1.19/  --with-boost=/share/work/biosoft/boost/boost.1.57 #报错： SAMStepper...

问题 构建自己的富集数据库报错

... library(biomaRt) hub <- AnnotationHub::AnnotationHub() query(hub, "Ovis") sheep<-hub[["AH85595"]] length(keys(sheep)) columns(sheep) head(sheep) library(clusterProfiler) > enrich.go<-enrichGO(gene=down_gene, +                      OrgDb="sheep", +            ...

问题 GEOquery 下载不了数据

...但是原代码上的数据集是可以下载的。错误提示如下：Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : 无法打开链结 此外: Warning message: In readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) :   无法打开压缩文件'GSE112093_eSet.Rdata'，可能是因为'No such file or directory' ...

问题 植物线粒体组装unicycler软件里的spades报错

...unicycler软件时报错，报错信息如下 == Error ==  system call for: "['/share/work/biosoft/SPAdes/SPAdes-3.15.4-Linux/bin/spades-core', '/work/my_mt/01.plant_assemble/21.mapped_reads/22.unicycler/spades_assembly/K27/configs/config.info', '/work/my_mt/01.plant_assemble/21.mapped_reads/22.un...

问题 三代纠错软件lordec安装问题

我在安装lordec时报如下错误： Install the project... -- Install configuration: "" -- Installing: /usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples CMake Error at cmake_install.cmake:41 (file):   file INSTALL cannot make directory   "/usr/local/HDF_Group/HDF5/1.8.18/examples": No such file ...

文章 阿里云短信发送API笔记

... aliyunsdkcore.http import method_type as MTfrom aliyunsdkcore.http import format_type as FTimport constimport os, argparse, glob, os.path,time,re"""短信业务调用接口示例，版本号：v20170525Created on 2017-06-12"""try:    reload(sys)    sys.setdefaultencoding('utf8')except NameError...

问题 提取蛋白编号信息

...::SeqIO;use Bio::Seq;my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" , -format => 'Fasta');my$out = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[2]" , -format => 'Fasta');my%keep=();open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";while(<IN>){chomp;next if /^#/;my@tmp=split(/\s+/);$keep{"$tmp[1].1"}=1;}close(...

文章 ssh 其他节点时：

ssh 其他节点时：Warning: untrusted X11 forwarding setup failed: xauth key data not generatedWarning: No xauth data; using fake authentication data for X11 forwarding.解决办法：修改 /etc/ssh/ssh_config 文件，在最后加入 ForwardX11Trusted yes （加入各个节点，并将头结...

文章 pheatmap返回的结果解释（获得新的排序信息）

...was specifiedgtable a gtable object containing the heatmap, can be used for combining the heatmap with other plots 根据以上的解释，可以知道pheatmap返回的对象是列表，其中包含了多个聚类的结果，其中一个组成结果为行聚类结果，对应的是行基于hclus...

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...r Nucleic Acids上的文章《m6A-related lncRNAs are potential biomarkers for predicting prognoses and immune responses in patients with LUAD》（IF=8.89），作者采用TCGA的体细胞突变数据通过绘制瀑布图来直观展示生存预后高低风险组之间的突变差异。 突变...

文章 TCGA数据分析机构及编码汇总 Center

...心 5 jhu-usc.edu CGCC Johns Hopkins / University of Southern California JHU_USC 约翰霍普金斯大学/南加州大学 6 hudsonalpha.org CGCC HudsonAlpha Institute for Biotechnology HAIB 哈德逊阿尔法生物技术研究所 7 unc.edu CGCC University of North Caroli...