提取蛋白编号信息 - 组学大讲堂问答社区

5 提取蛋白编号信息

回答问题即可获得 10 经验值，回答被采纳后即可获得 10 金币。

@omicsgene 老师，按照视频的脚本仔细核对没有错误，编译执行后也有没有报错，但pep.fa文件一直是空，文件名字没有空格，是不是文件读取权限向题

如果脚本有问题，编译起来就会报错，还得请教老师来解决，谢谢

use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;


my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[1]" , -format => 'Fasta');


my$out = Bio::SeqIO->new(-file => "$ARGV[2]" , -format => 'Fasta');


my%keep=();


open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";
while(<IN>)
{
chomp;
next if /^#/;
my@tmp=split(/\s+/);
$keep{"$tmp[1].1"}=1;
}
close(IN);
while (my $seq = $in->next_seq() )
{
my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
if(exists $keep{$id})
{
$out->write_seq($seq);
}


}
$in->close();
$out->close();

0 条评论
分类：基因家族分析

默认排序时间排序

2 个回答

cp 2018-10-15 13:35

不好意思，第一次提问，下次一定写的详细来问您

我是这样运行的：

先创建了pep.fa文件

然后执行

[share] perl get_fa_by_id.pl AT.gff TAIR10.pep.all.fa pep.fa

AT.gff是之前提取的基因位置信息，没有问题

运行完没有报错，但

pep.fa文件是0字节

omicsgene - 生物信息 2018-10-15 13:02

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

get_fa_by_id.pl 这个脚本是根据第一个文件信息的第一列ID信息，提取第二个文件fasta文件的中对应的序列信息，存储到第三个文件当中；所有两个文件当中的ID对应才能得到想要的序列；

分析代码：

代码中这个地方给ID都加了个".1" 你看看你的gff 文件里面的第一列ID都加 .1 后的基因ID，与你提供的所有蛋白质序列里面的序列ID能不能对应？如果不能对应请改正。

5 提取蛋白编号信息

2 个回答

相似问题