使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗?

使用GATK call SNP有必要IndelRealigner吗?
由于人类基因组当中有确定可靠的indel位置信息,所以在以前,人类中Call SNP的时候都会用到IndelRealigner,但是最近GATK官网说明如果用最新的HaplotypeCaller or MuTect2 Call  SNP的时候就不必再用这种方法处理bam文件,链接地址及说明如下:
https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_indels_IndelRealigner.php

对于普通的物种没有可靠的INDEL数据库,小编觉得也可以不用做IndelRealigner处理bam文件。

基因组重测序数据分析视频课程:

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  • 发表于 2018-06-15 11:15
  • 阅读 ( 4549 )
  • 分类:重测序

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