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问题 老师好，在基因家族分析circos制图时，老师的文件是拟南芥的5条染色体，我的物种有9条染色体，请问这个文件需要怎么修改？

circos最后一步绘图的config2.txt文件，我的染色体是C01开头。图中我已经把拟南芥的1.2.3.4.5改为C01.C02.C03.C04.C05(括号内）。还需要重新添加C06-C09吗？不添加的话，最后结果文件中6-9号染色体都是灰色的，并且没找到我的目标基因id...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

..._type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 。我执行后报错：Warning: When testing 14 versus all:         every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means data frame with 0 columns and 0 rows Error in ...

文章 GEO单细胞转录组数据挖掘示例代码汇总

...： https://www.omicsclass.com/article/1677  BCC 基底细胞癌（GSE123813 count表格输入）：https://www.omicsclass.com/article/2483  BLCA膀胱癌(GSE192575 多样本10X)：https://www.omicsclass.com/article/2498 BRCA乳腺癌(E-MTAB-8107 rds文件输入): https://www.omicsclass.co...

问题 WGCNA中过滤低表达量（0.5）时datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]不成功，且变量从上步30769变成了0. ？

...码如图，运行到datExpr0[n+1,]=apply(datExpr0[c(1:nrow(datExpr0)),],2,mean)一切正常，有30769个变量，但是datExpr0=datExpr0[1:n,datExpr0[n+1,] > meanFPKM]这步运行始终不成功，也不报错，变量变成了0.请问这是怎么回事？谢谢

文章 重组蛋白制备的基本步骤有哪些？

...。   获取重组蛋白的基本步骤： 1.目标基因的扩增。 2.插入克隆载体。 3.亚克隆到表达载体中。 4.转化到蛋白表达宿主（细菌（大肠杆菌）、酵母、哺乳动物细胞或杆状病毒-昆虫细胞系统）。 5.重组蛋白的鉴定试验。（wes...

文章 网络概念以及Cytoscape导入数据格式理解（ceRNA等多元关系网络数据）

...整理出一个最基本的数据 ：一行两列： Node1 Node2 A B   提交的数据中这一内容，告诉Cytoscape软件：网络有两个对象（点）是A和B, 这两个对象之间是相互作用的，画出来的网络图就必定包含这两个点并且...

问题 GEO boxplot和密度分布图的绘制

利用boxplot（exprSet，col= cols , main ="expression", las =2）得到上图结果，通过加入outline= F，可以纠正错误。 但是我数据整理后，进行密度分布图的时候， 出现上图的问题， 不是很熟悉ggplot2，不知道代码哪里进行修改。 P_density...

问题 perl脚本去除重复的hmmer搜索的转录本ID为一行，且结果ID是蛋白序列ID。

...文件手动筛选，挑选ID： perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt WRKY_domain_new_out_selected.txt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt 查看解答区的相似问题：老师的解答为：GFF文件可能不是标准的gff文件。我检查了自己的gff文件，第三列包含...

文章 服务器docker防止退出之后容器杀死导致任务中断

ERRO[0000] Error refreshing container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: error acquiring lock 1 for container af05fafe31f6bfb00c2599255c47e35813ecf5af9bbe6760ae8a4abffd343627: file exists ERRO[0000] Error refreshing container b4620633d99f156bb59eb327a918220d67145f819...

文章 eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled

...址：http://download.eclipse.org/technology/linuxtools/updates-nightly/ 2、安装“shelled”插件 在http://sourceforge.net/projects/shelled/files/latest/download下载ShellEd的zip包 以archive，即zip包的方式设置数据源： 在shell文件上点右键->open with->选择shell...

文章 轻松搞定Krona图

...4KB），下载地址：https://github.com/marbl/Krona/releases/download/xl2.4/KronaExcelTemplate-2.4.zip 下载后解压，在 "KronaExcelTemplate" 文件夹下双击 "install_Windows.vbs" 文件进行安装，会马上弹出安装完成的提示。如下图所示即可： 注：Excel必须是M...

文章 在运行R时报错缺失libpcre2-8.so.0这个共享库文件

报错信息提示在运行R时缺失libpcre2-8.so.0这个共享库文件，libpcre2-8.so.0是PCRE（Perl Compatible Regular Expressions）库的一个版本，通常用于支持正则表达式。 解决方法： 1.安装或更新PCRE库。根据你使用的Linux发行版，可以使用相应的...

文章 docker clash 配置

...般都是64位服务器,所以下载 clash-linux-amd64.tar.gz 即可。 2.下载配置文件config.yaml 在终端 cd 到 Clash 二进制文件所在的目录，执行 wget -O config.yaml 配置文件的url 下载 Clash 配置文件 3.初始化程序 执行 ./clash -d . 即可启动 C...

文章 immunedeconv 包安装错误： download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

...lt;- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"   options(repos=r)}) #2 安装bioconductor常用包options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")install.packages("remotes")remotes::install_github("icbi-lab/immunedeconv")

文章 Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

...miR156a-3p AT1G65440 ath-miR156a-3p AT3G06340 ath-miR156a-3p AT5G58220 ath-miR156a-5p AT1G08590 ath-miR156a-5p AT1G19800 ath-miR156a-5p AT1G72700 ath-miR156a-5p AT1G80680 ath-miR156a-5p AT2G02090 ath-miR156a-5p AT2G40316 ath-miR156a-5p AT3G58190 ath-miR156a-5p AT4G335...