GEO boxplot和密度分布图的绘制

  1. attachments-2018-08-WMBD95eW5b616f42c666e.jpg

利用boxplot(exprSet,col= cols , main ="expression", las =2)得到上图结果,通过加入outline= F,可以纠正错误。

但是我数据整理后,进行密度分布图的时候,

attachments-2018-08-5PQ18zBs5b616ff9cb446.jpg
出现上图的问题,
不是很熟悉ggplot2,不知道代码哪里进行修改。
P_density_GeneID = ggplot(datExp,aes(x=Exp))+
geom_density(aes(fill=as.character(datExp$Sample),color=as.character(datExp$Sample)),alpha = 0,size=1,linetype="solid")+
labs(x="expression")+
theme(plot.title = element_text(size = 25,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
legend.title = element_blank(),
legend.text = element_text(size = 15, face = "bold"),
legend.position = 'right',

###坐标轴标签设置
axis.line=element_line(size = 1,color="black"),
axis.ticks.x=element_blank(),
axis.text.x=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
axis.text.y=element_text(size = 15,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
axis.title.x = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
axis.title.y = element_text(size = 20,face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5),
##背景设置
panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),
panel.grid.minor = element_blank(),
panel.grid.major = element_blank(),
plot.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA))
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1 个回答

Daitoue
擅长:生命科学,生物信息

1、boxplot那个outline=F并不是纠正,而是在图片未将异常值没有显示出来

2、并不一定有问题,如果这个是数据结果中线的颜色重合度较高,代码并没其他报错的情况下,一般是数据密度分布趋势过近导致的

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