轻松搞定Krona图
微生物多样性分析中，我们要查看某个样品或者分组中各物种在各分类水平上的丰度信息，可以用柱状图，分类学树状图（饼图），OTU table表格等展示。今天我们介绍另一个展示工具KRONA，能够很好的展示样品中物种的分类等级以及丰度信息，最重要的他是可视化可交互式的，他采用多图层饼图，可交互式探索层级数据，可动态的显示物种各水平的丰度信息。KRONA图看起来会很复杂，但其实绘制并不麻烦，通过安装插件在Windows当中完全可以自己搞定。话不多说，我们直入正文。
Krona官网地址：https://github.com/marbl/Krona/wiki
安装
想在Windows上绘制Krona图，我们需要安装一个Excel插件（364KB），下载地址：https://github.com/marbl/Krona/releases/download/xl2.4/KronaExcelTemplate-2.4.zip
下载后解压，在 "KronaExcelTemplate" 文件夹下双击 "install_Windows.vbs" 文件进行安装，会马上弹出安装完成的提示。如下图所示即可：
注：Excel必须是Microsoft Office 97及以上版本，WPS什么的都不行哦！
绘图
安装完成后就可以来绘图了，打开"KronaExcelTemplate"目录中Krona.xltm文件，该文件中有软件给的示例数据（如下图所示，Granola列为样品名称，其中gram为是样品的物种丰度信息；healthiness（属性信息）列是非必须的，可以不填写。Serving列是对应的分类水平，每个Category是一个分类水平，如物种分类等级（可以是门纲目科属种），或KEEG功能3级注释），我们可以直接用该文件进行绘图。
绘图之前需要先启用宏，如下图所示，通常会警告宏已被禁用，我们需要启用此内容。
之后点击"Create chart"就可以绘图了，此时会弹出一个另存为窗口，直接保存绘图结果为html网页格式。该网页文件使用浏览器即可查看。结果如下：
该图片是可以交互的，我们双击某一部分会重新计算并显示。
好啦，先介绍到这，大家自己动手试试吧！
- 发表于 2018-08-23 16:56
- 阅读 ( 10310 )
- 分类：软件工具
