Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

在利用Cytoscape绘图的过程中如何对具有不同属性(分类)的点(以及与该点相连的线)进行颜色着色呢? 譬如下图 显示了miRNA 和靶基因的相互作用,并基于靶基因的类型对网网络图进行了颜色处理...

在利用Cytoscape绘图的过程中如何对具有不同属性(分类)的点(以及与该点相连的线)进行颜色着色呢?

譬如下图 显示了miRNA 和靶基因的相互作用,并基于靶基因的类型对网网络图进行了颜色处理,方便显示各个分类:

attachments-2018-10-G3hDYMhu5bc015ccdb12d.jpg


绘图的原始数据基本格式如下,仅两列:

miRNA Target
ath-miR156a-3p AT1G65440
ath-miR156a-3p AT3G06340
ath-miR156a-3p AT5G58220
ath-miR156a-5p AT1G08590
ath-miR156a-5p AT1G19800
ath-miR156a-5p AT1G72700
ath-miR156a-5p AT1G80680
ath-miR156a-5p AT2G02090
ath-miR156a-5p AT2G40316
ath-miR156a-5p AT3G58190
ath-miR156a-5p AT4G33540
ath-miR156a-5p AT5G01810
ath-miR156a-5p AT5G19610
ath-miR156b-3p AT2G38440
... ...

如涉及相关的属性信息,可以在数据中增加相应的列,来描述点或者线的特征。

基于最原始的数据可以获得如下图片(三角对应miRNA,圆点对应靶基因):

attachments-2018-10-Rn2U9wLb5bc00ae13c1f7.jpg


1、根据其他的分析,例如基于注释,将靶基因所属的pathway列举出来:

Target pathway
AT1G65440 A
AT3G06340 A
AT5G58220 A
AT1G08590 A
AT1G19800 A
AT1G72700 A
AT1G80680 A
AT2G02090 A
AT2G40316 A
AT3G58190
AT4G33540
AT5G01810 B
AT5G19610 B
AT2G38440 B
AT1G08590 B
AT1G19800 B
AT1G72700 B
AT1G80680 B
AT2G02090 B
AT2G40316 B
AT3G58190 B
AT4G33540 B
AT5G01810 B
AT5G19610
AT1G73370
AT3G06340
AT3G12860
AT1G08590 C
AT1G19800 C
AT1G72700 C
AT1G80680 C
AT2G02090 C
AT2G40316 C
... ...

获取的信息中,有一些基因能注释到特定pathway,有一些不能(可将对应的内容空置不填),基于这样的表格数据,将其作为table,导入到Cytoscape中,作为点的属性,进行绘图。譬如经过table导入后,在对应的数据栏中,显示增加了一列pathway(注意作为table导入的数据应该是去重的数据,也就是说每个靶基因只有一个分类属性):

attachments-2018-10-xEWMdFpk5bc00e47ddd51.jpg

2、在控制面板中 对应的select中 设定筛选栏,以Node:pathway来(表示Node属性中pathway这一列的数据) 选择其中一个pathway B,即可将属于这一类的点选中(图中黄色点)

attachments-2018-10-g0H0J9JP5bc01028045b3.jpg选中点之后,进入控制面板style-node 中在第三列修改点的颜色(第三列仅修改选中的点的设置)

attachments-2018-10-Ixms9AFh5bc010d758bb5.jpg即可将点修改成指定颜色,而与该类点相连的线,可以在选中点之后,基于工具栏select 选中与点相连的线,再进行修改线的颜色。

attachments-2018-10-nohLyJkD5bc011fd13699.jpg 线的颜色,修改类似于点,选中之后线显示红色,在控制面板Edge中修改,注意选中的线也是第三列,修改颜色为Stroke color

attachments-2018-10-VngHR23T5bc012e7a597e.jpg


经过多次修改不同类型之后即可完成:

attachments-2018-10-lEvH4Afq5bc0138571b2f.jpg


除了基于table之外,也可以对最初导入的Network文件进行信息补充,方便后续进行网络网络设置,例如:

miRNA Target pathway type
ath-miR156a-3p AT1G65440 A A
ath-miR156a-3p AT3G06340 A A
ath-miR156a-3p AT5G58220 A A
ath-miR156a-5p AT1G08590 A A
ath-miR156a-5p AT1G19800 A A
ath-miR156a-5p AT1G72700 A A
ath-miR156a-5p AT1G80680 A A
ath-miR156a-5p AT2G02090 A A
ath-miR156a-5p AT2G40316 A A
ath-miR156a-5p AT3G58190 A A
ath-miR156a-5p AT4G33540 A A
ath-miR156a-5p AT5G01810 A A
ath-miR156a-5p AT5G19610 A A
ath-miR156b-3p AT2G38440 A A
ath-miR156b-5p AT1G08590 A A
ath-miR156b-5p AT1G19800 A A
ath-miR156b-5p AT1G72700 A A
ath-miR156b-5p AT1G80680
ath-miR156b-5p AT2G02090
ath-miR156b-5p AT2G40316
ath-miR156b-5p AT3G58190
ath-miR156b-5p AT4G33540 B B
ath-miR156b-5p AT5G01810 B B
ath-miR156b-5p AT5G19610 B B
ath-miR156c-3p AT1G73370 B B
ath-miR156c-3p AT3G06340 B B
ath-miR156c-3p AT3G12860 B B
ath-miR156c-5p AT1G08590 B B
ath-miR156c-5p AT1G19800 B B
ath-miR156c-5p AT1G72700 B B
...... ... ...

在导入网络时,注意将pathway 设置成靶点属性,将type设置成线属性,之后再于控制面板中中设置筛选栏,基于Node:pathway 或者Edge:type去选中点或者线,从而去修改相关的设置也可以达到相同效果。


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  • 发表于 2018-10-12 11:28
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  • 分类:科研作图

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Daitoue
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