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问题 关于treemix的几个问题

...着主图了,想调到主图的左边。用什么办法可以调整呢? 2.当热图中的SE为0 时,就表示我设定的基因迁移次数,和实际相吻合,是这样吗? 3.需要每次迁移的权重数的具体数值,在哪里找呢?还有如何在最大似然树的图上显示...

文章 基因结构图添加domain信息

...下: 一行为一个domain的位置信息。 1.第一列为基因ID 2.第二列为domain位于蛋白质上的起始位置 3.第三列为domain位于蛋白质上的终止位置 4.第四列为domain名称 导入数据与设置 如下图所示导入数据。 导入后生成,即可生成...

文章 简单的蛋白质组实验怎么炼成4分文章

...囊期(sporulated oocyst),每个时期两个生物学重复。 02/研究方法 本文没有高深的实验技术,也没有复杂的分析方法,只是对选取的样本进行了iTRAQ蛋白质组学检测,并进行了相应的生物信息学分析。 03/研究结果之蛋白质鉴定...

文章 抗体开发过程中的常见问题及解决方案详解

...出现杂带,可以采用抗原亲和纯化避免杂带的产生。   2) 从蛋白修饰来看:天然蛋白存在复杂的翻译后修饰。这点可以通过信息学分析进行解释。   3) 从蛋白翻译后加工来看:翻译后蛋白前体经切割可能会使部分蛋白分子量...

文章 2018年测序相关国自然基金最全统计

...1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接...

问题 用deseq_analysis.r分析差异表达分析时报如下的错误

[1] "abstract_factors is start" Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :   line 2 did not have 3 elements Calls: abstract_factors -> read.table -> scan Execution halted

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

...ls的结果为啥是同一个ID会重复对应同一个品系基因组? 2.不需要的基因是指什么基因?能否通俗的解释一下呢。‘不需要的基因’这个是根据PAV_gene.list判断的吧

问题 使用plotQ绘制structuretu图的问题

...,returnplot=T,exportplot=F,quiet=T,basesize=11,grplab=onelabset,grplabsize=2,linesize=0.8,clustercol=clist[[opt$pallete]],showindlab=T,sharedindlab=F,useindlab = T,#indlabheight=4,#sortind="all",ordergrp=TRUE,indlabangle=90,indlabvjust=1,indlabsize=4,showyaxis=T,showticks=T,splabsize=3,pointsize=4)

文章 转录组分析时,影响差异基因数量的因素有哪些?

...时,差异表达基因的筛选标准一般为:Fold Change 大于等于2且FDR小于等于0.01,如果差异表达基因数量太少可以适当降低标准,差异表达基因数量太多适当调整。还有那些因素会影响差异表达基因的数量呢? 第一:样品的处理,...

文章 picard进行ReorderSam时报错

...件产生对应,对索引文件(bai)进行更新即可解决问题。 2.No space left on device 原因是缓存把tmp占满了,解决办法是在运行jar包时指定自己的缓存存储目录: java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -Djava.io.tmpdir=./tmp -jar picard.jar ReorderSam -I bam -O...

文章 docker配置国内源加速下载,linux版本

...其他未验证。 1、关闭 Docker 服务 sudo systemctl stop docker 2、修改配置文件 vim /etc/docker/daemon.json 增加/更新"registry-mirrors"字段 { "registry-mirrors": [ "https://docker.mirrors.ustc.edu.cn" ] } 注:需确认"daemon.json"的位置。 3、重...

文章 可变剪切在癌症中的研究

...详细内容。 1. 1分钟给你5分的SCI论文思路!要不要? 2. TCGA-人类癌症数据库差异表达基因挖掘课程 3. 再挖TCGA,发篇SCI 那么除了筛选差异基因进行此类分析外,还有其他好的思路吗?答案是肯定的;可变剪切是基因转录时...

问题 在进行全基因评估后,出图不正确,同时在进行hifiasm三代组装的时候总是出现问题

图1是基因组评估问题,图2是进行hifiasm三代组装出现的问题,, k的取值对评估结果影响大吗,比如k取17或者19

问题 猪单细胞测序数据拟时序分析时已知细胞分化起源,怎么修改代码?

...这个代码应该怎么修改?Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.T.rds -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4

文章 使用bcftools文件提取vcf文件子集

...文件id.list。文件示例如下: Chr1    11787600        11793521Chr1    30028805        30042382Chr1    54966087        54970283Chr1    57228272        57231222或者指定具体位点Chr1    11787600Chr1    30028805Chr1    54966087Chr1    57228272 2. 要处...