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文章 IGV可视化使用

...包括基于芯片测序、二代测序和基因组注释数据等。 IGV如何使用 一.  下载安装IGV 1.首先确保系统中已经安装好 Java JDK;正确配置好环境变量;         Java JDK下载地址:https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloa...

问题 基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件

...也不对,想请教老师是哪里出了问题,是脚本不对吗?又如何修改呢 输入文件 以下是过程这个是脚本 这个是输出结果为空时用到的GFF3 在对GFF3做出修改后的结果

问题 老师您好,在经过您的2024转录代谢培训班后,我自己运行WGCNA是出现卡住的问题

...会卡在这块,请问老师这是什么原因啊,再有想请问老师如何筛选用来做WGCNA的转录组和代谢组数据啊,有具体方法吗,谢谢老师

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件 IsoSeq3 的安装

...内镜像,加快软件安装速度 有时候,安装这些包的速度比较慢,还可能中断,主要原因是Anaconda的服务器在国外。可以换成国内的镜像,加快下载速度。目前清华大学那边提供了镜像,其配置方法如下: conda config --add channels...

文章 转录组的3种分析模式

经常有学员询问,如何分析转录组的数据,首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。 转录组分析模式 基于是否有参考基因组,是否分析新的转录本,转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型,如下图: ...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...一款数据质控软件,可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming -...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...分布。T检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均数的差异是否显著。 1.适用条件 已知一个总体均数;可得到一个样本均数及该样本标准差;样本来自正态或近似正态总体。 备注:若是单独样本T检验,...

文章 string数据库下载的文件

string数据库下载的文件表头比较复杂,我给大家写一份说明书 1,neighborhood_on_chromosome: 这个特征表示在基因组中,两个基因是否靠近彼此,通常使用染色体上的物理距离来确定。如果两个基因在某些物种中距离非常接近,那么...

文章 Git基本命令

...上上一个版本就是 HEAD^^,当然往上 100 个版本写 100 个 ^ 比较容易数不过来,所以写成 HEAD~100。 回退到上一个版本 : git reset --hard HEAD^ 丢弃工作区的修改(撤销): git checkout -- file 删除文件: 正确操作:git rm file git commit -m ...

文章 组学大讲堂 高效率提问指南!

...! 一、问题应当具体,不应过于宽泛: 反面教材:“如何学好生信”,“转录组结果怎么看”,这种三天三夜讲不完的问题,恐怕没人敢出手; 正面典型:“进行差异基因筛选时通常采用什么标准?”,“想对水稻根际土做...

文章 Ka/Ks与进化选择压力

.../ks计算软件列表:PAML-yn00Kaks_calculatorK-estimator 以上就是编今天跟大家分享的内容,你对进化选择压力有什么独特见解?欢迎来评论区留言讨论! 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速...

文章 KM-plotter在线生存分析

...易懂,按照提示选择需要的设置进行分析即可。 4.简单编选择了ANLN基因(拓展链接:基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能) 在Ovarian Cancer芯片数据中进行OS生存分析,参数和结果见下图,一秒出结果! 怎么...

问题 求助,在docker内使用treemix镜像,引用一个.sh命令时报错

... 于是想切换到sh目录里看看,但是还继续报错 求助该如何解决,谢谢

文章 NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

...大的区别就是SRA Lite采用了简化的quality scores,具体它是如何简化的请参考原文 SRA Lite files are produced from SRA Normalized Format by assessing overall read quality, setting a per-read quality flag (Read_Filter), and removing base quality scores from the file. In the res...

文章 科研汪必须知道的实验技术,你还差几门?

...效的方法。 其基本原理是从基因背景相同的2个或几个被比较的细胞系或组织中提取总RNA,逆转录成cDNA ,用不同引物对,进行PCR 扩增,扩增时加入同位素标记的核苷酸。利用测序胶电泳技术分离PCR 产物,经放射自显影即可找到...