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文章 IGV可视化使用

...包括基于芯片测序、二代测序和基因组注释数据等。 IGV如何使用 一.  下载安装IGV 1.首先确保系统中已经安装好 Java JDK；正确配置好环境变量;         Java JDK下载地址：https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloa...

问题 基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr.txt是空文件

...也不对，想请教老师是哪里出了问题，是脚本不对吗？又如何修改呢 输入文件 以下是过程这个是脚本 这个是输出结果为空时用到的GFF3 在对GFF3做出修改后的结果

问题 老师您好，在经过您的2024转录代谢培训班后，我自己运行WGCNA是出现卡住的问题

...会卡在这块，请问老师这是什么原因啊，再有想请问老师如何筛选用来做WGCNA的转录组和代谢组数据啊，有具体方法吗，谢谢老师

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件 IsoSeq3 的安装

...内镜像，加快软件安装速度 有时候，安装这些包的速度比较慢，还可能中断，主要原因是Anaconda的服务器在国外。可以换成国内的镜像，加快下载速度。目前清华大学那边提供了镜像，其配置方法如下： conda config --add channels...

文章 转录组的3种分析模式

经常有学员询问，如何分析转录组的数据，首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。 转录组分析模式 基于是否有参考基因组，是否分析新的转录本，转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型，如下图： ...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...一款数据质控软件，可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming -...

文章 基于R实现统计中的检验方法---T检验

...分布。T检验是用t分布理论来推论差异发生的概率，从而比较两个平均数的差异是否显著。 1.适用条件 已知一个总体均数；可得到一个样本均数及该样本标准差；样本来自正态或近似正态总体。 备注：若是单独样本T检验，...

文章 string数据库下载的文件

string数据库下载的文件表头比较复杂，我给大家写一份说明书 1，neighborhood_on_chromosome: 这个特征表示在基因组中，两个基因是否靠近彼此，通常使用染色体上的物理距离来确定。如果两个基因在某些物种中距离非常接近，那么...

文章 Git基本命令

...上上一个版本就是 HEAD^^，当然往上 100 个版本写 100 个 ^ 比较容易数不过来，所以写成 HEAD~100。 回退到上一个版本 ： git reset --hard HEAD^ 丢弃工作区的修改（撤销）： git checkout -- file 删除文件: 正确操作：git rm file git commit -m ...

文章 组学大讲堂 高效率提问指南！

...！ 一、问题应当具体，不应过于宽泛： 反面教材：“如何学好生信”，“转录组结果怎么看”，这种三天三夜讲不完的问题，恐怕没人敢出手； 正面典型：“进行差异基因筛选时通常采用什么标准？”，“想对水稻根际土做...

文章 Ka/Ks与进化选择压力

.../ks计算软件列表：PAML－yn00Kaks_calculatorK-estimator 以上就是小编今天跟大家分享的内容，你对进化选择压力有什么独特见解？欢迎来评论区留言讨论！ 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速...

文章 KM-plotter在线生存分析

...易懂，按照提示选择需要的设置进行分析即可。 4.简单小测 小编选择了ANLN基因（拓展链接：基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能) 在Ovarian Cancer芯片数据中进行OS生存分析，参数和结果见下图，一秒出结果！ 怎么...

问题 求助，在docker内使用treemix镜像，引用一个.sh命令时报错

... 于是想切换到sh目录里看看，但是还继续报错 求助该如何解决，谢谢

文章 NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

...大的区别就是SRA Lite采用了简化的quality scores，具体它是如何简化的请参考原文 SRA Lite files are produced from SRA Normalized Format by assessing overall read quality, setting a per-read quality flag (Read_Filter), and removing base quality scores from the file. In the res...

文章 科研汪必须知道的实验技术，你还差几门？

...效的方法。 其基本原理是从基因背景相同的2个或几个被比较的细胞系或组织中提取总RNA，逆转录成cDNA ，用不同引物对，进行PCR 扩增，扩增时加入同位素标记的核苷酸。利用测序胶电泳技术分离PCR 产物，经放射自显影即可找到...